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  1. 農糧署
    ◎ 1-1 北區分署
    ◎ 1-2 中區分署
    ◎ 1-3 南區分署
    ◎ 1-4 東區分署
  2. 漁業署
    ◎ 2-1 漁業廣播電臺
  3. 動植物防疫檢疫局
    ◎ 3-1 基隆分局
    ◎ 3-2 新竹分局
    ◎ 3-3 臺中分局
    ◎ 3-4 高雄分局
  4. 農業金融局
  5. 林務局
    ◎ 5-1 羅東林區管理處
    ◎ 5-2 新竹林區管理處
    ◎ 5-3 東勢林區管理處
    ◎ 5-4 南投林區管理處
    ◎ 5-5 嘉義林區管理處
    ◎ 5-6 屏東林區管理處
    ◎ 5-7 臺東林區管理處
    ◎ 5-8 花蓮林區管理處
    ◎ 5-9 農林航空測量所
  6. 水土保持局
    ◎ 6-1 臺北分局
    ◎ 6-2 臺中分局
    ◎ 6-3 南投分局
    ◎ 6-4 臺南分局
    ◎ 6-5 臺東分局
    ◎ 6-6 花蓮分局
  7. 農業試驗所
    ◎ 7-1 嘉義農業試驗分所
    ◎ 7-2 鳳山熱帶園藝試驗分所
    ◎ 7-3 花卉研究中心
  8. 林業試驗所
  9. 水產試驗所
  10. 畜產試驗所
    ◎ 10-1 宜蘭分所
    ◎ 10-2 新竹分所
    ◎ 10-3 恆春分所
    ◎ 10-4 彰化種畜繁殖場
    ◎ 10-5 高雄種畜繁殖場
    ◎ 10-6 花蓮種畜繁殖場
    ◎ 10-7 台東種畜繁殖場
    ◎ 10-8 澎湖工作站
  11. 家畜衛生試驗所
    ◎ 11-1 動物用藥品檢定分所
  12. 農業藥物毒物試驗所
  13. 特有生物研究保育中心
  14. 桃園區農業改良場
  15. 苗栗區農業改良場
  16. 臺中區農業改良場
  17. 臺南區農業改良場
  18. 高雄區農業改良場
  19. 花蓮區農業改良場
  20. 臺東區農業改良場
  21. 茶業改良場
    ◎ 21-1 魚池分場
    ◎ 21-2 文山分場
    ◎ 21-3 臺東分場
  22. 種苗改良繁殖場
  23. 屏東農業生物技術園區籌備處

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