(一) 業者申報檢疫
申報輸出、輸入、轉口、轉運及過境檢疫物之人（以下簡稱申請人）或其代理人(以下與申請人合稱為業者)應檢具申請書，並檢附相關文件向各分署暨所屬檢疫站申報檢疫。申請人委託代理人申報檢疫時，應先辦妥委託事宜。
業者可以下列方式向各分署暨所屬檢疫站申報檢疫：
1. 臨櫃申報
2. 傳真申報
3. 網際網路申報：可透過下列2種方式申報：
(1)檢疫雲單一窗口服務平台（防檢署開發建置）
(2)透過便捷貿e網
(二) 受理及電腦登錄
1. 臨櫃申報及傳真申報部份：
由動（植）物檢疫人員先行審核申請書及所附相關證明文件，如申請書資料填寫錯誤或證明文件不齊全，則需退還業者補正（齊），受理櫃檯將審核後之申請書資料，登錄至『動植物申報發證系統』中。
2. 利用網際網路申報部份：
業者利用網際網路申報成功後，業者申報系統會自動產生一個網路單號，業者可將該網路單號填寫於所需檢附之證明文件上，並傳真到各分署暨所屬檢疫站，受理櫃檯於收到業者之傳真證明文件後，隨即利用『動植物申報發證系統』自業者網路申報系統中接收業者利用網際網路申報之資料，由電腦自動產生申請書號碼，並將相關申請資料送請檢疫人員進行申請書及所屬相關證明文件之審查工作，如申請書資料填寫錯誤或證明文件不齊全，則通知業者補正（齊）。
網路申報案件，得免附下列文件：
(1)申請書紙本。
(2)輸入檢疫案件申報內容與海關傳送之進口報單內容比對無誤者，得免附海關進口報單影本。
(3)輸出檢疫案件具海關受理之出口報單號碼者，得免附商業發票紙本或其他銷貨證明。
3.網路申報作業無法正常使用時，改以臨櫃或傳真方式辦理。
(三) 收費
依據業者申請書內容，依下列方式收取各項檢疫規費
1. 現場向業者收取檢疫規費，並開列收據交付業者。
2. 業者如使用虛擬帳號轉帳繳款時，收費人員確認轉帳成功後，即開列收據交付業者，或由檢疫人員於臨場檢疫時轉交業者，或依業者要求郵寄給業者，但所需郵資必須由業者自行負擔。
(四) 檢疫費按輸出檢疫物品離岸價格或輸入檢疫物品完稅價格之千分之一計收。但輸入檢疫物品為小麥、大麥、玉米、黃豆者，按其完稅價格之千分之○•五計收。
(五) 動植物檢疫機關派員執行臨場檢疫、檢疫處理、押運、設施或場地審查等檢疫業務，依下列規定計收臨場費：
1. 每人每次新臺幣五百元。如無法於當日往返，其費用依國內出差旅費報支要點規定之各項費用基準計收。
2. 每批檢疫物品計收檢疫人員一人次之臨場費。
3. 同一申請人，申報多批存置於同一處所之檢疫物品，同時臨場檢疫者，計收檢疫人員一人次之臨場費。
4. 檢疫物品數量過多，非一人一日所能完成者，動植物檢疫機關得依實際派員及日數，計收臨場費。
5. 動植物檢疫機關於港、站之倉儲、貨櫃場或其他場所設置派駐辦公處所，並派員執行檢疫業務者，免收臨場費。
(六) 檢疫規費以新臺幣（元）計算。經核算每批檢疫規費總金額未滿十者，免予徵收。
(七) 申報發證單位主管就申請書內容審核無誤後，於申請書上核章後送交檢疫單位，由檢疫單位主管核派檢疫人員實施臨場檢疫。
(八) 輸出檢疫案件：檢疫人員接受檢疫單位主管之核派，完成書面審查後，可先至申報發證櫃檯，預印檢疫證明書並加蓋鋼印，隨後即赴檢疫物存放地點實施臨場檢疫，如檢疫合格則於檢疫證明書上簽署，當場核發檢疫證明書，並交由櫃檯登錄人員登錄檢疫合格結果；如不符合對方國家檢疫規定則由檢疫人員註銷該案件，並交由櫃檯登錄人員登錄結果。
(九) 輸入（含轉口、轉運及過境）檢疫案件：檢疫人員接受核派後，前往貨物存放地點臨場檢疫，並實施檢疫處理（包含分離培養、隔離檢疫、燻蒸消毒等），經檢疫處理後判定合格者，以電話通知櫃檯登錄人員登錄檢疫合格結果，並傳送合格電子訊息給海關放行，如判定不合格則登錄結果並傳送不合格電子訊息給海關禁止通關，並製發不合格通知書及發函通知業者向海關辦理銷燬或退運。
(十) 檢疫完成之案件交由電腦登錄人員登錄結果，並將申請書及相關文件歸檔備查。
