為保障農田水利會灌溉事業轄區內人民生命財產安全，農委會本於督導權責，每年於汛期 (4 月底 ) 前針對全臺各農田水利會所辦理之轄區內重要列管水閘門 4,127 座及 608 條重要農田灌排水路之疏浚清淤工作進行抽查作業。農委會表示， 105 年度災前整備作業，已抽查 125 座重要水閘門檢查及 83 條重要列管農田排水清淤工作；於 105 年 4 月 19 日委請臺灣嘉南農田水利會辦理農田水利會防災應變演練，並於 105 年 5 月 25 、 30 日辦理農田水利會防災、抗旱及震災應變研討會，期能提升各農田水利會災害防救及緊急應變能力。

        農委會為加強天然災害各項防救業務推動，委託財團法人農業工程研究中心辦理「農田水利天然災害防救業務推動計畫」，編製「農田水利天然災害標準作業手冊」，針對水 ( 風 ) 災與豪雨等天然災害之緊急應變需要，訂定災害之預防、災時之緊急應變及災後復原重建措施，有效落實農田水利會防汛檢查、災害搶救、事故處理、災情勘查以及復原重建事宜。

        農委會表示，為即時掌控颱風及豪雨期間最新災情，將持續建置各農田水利會災情通報平臺，包含「災情通報系統網」及「究平安 APP 系統」，使各農田水利會工作同仁能透過手機或電腦傳遞現況最新資訊，俾即時掌握現況，避免災情擴大，保障轄區農民生命財產安全。