農委會表示，該會報行政院的國家植物園方舟計畫，已經與大南海文化園區切割，未來台北植物園將是國家植物園保種計畫的總園角色，植物活體蒐集保存將依賴國家植物園系統(含臺北、福山、恆春、嘉義、四湖及蓮華池6處植物園)為基地，再將調研能量擴充到自然保護區周邊的野外基因保種園(與林務局、特生、國家公園等合作)，建立完整的遷地保育系統，補足就地保育系統遭天然災害大規模崩塌而喪失物種的風險。本計畫將於107-111年實施，但尚待行政院核定。

       目前文化部規劃的1.整體規劃和空間發展計畫、2. 園區識別系統規劃、3. 歷史博物館、欽差行台和日式宿舍修復再利用調查研究計畫，均為初步規劃，亦僅限於植物園區文化資產維修，既未觸及植物園主體，也沒有媒體報導所稱「要把植物園點亮改成賣場，創造文創商機」之情事，請關心植物園的朋友安心。

       近日有多家媒體對於本案進行相關報導，其中有媒體指本案「讓曹啟鴻很生氣，認為行政院根本是在出賣植物園」的說法，與事實不符，該媒體並沒有訪問曹主委，農委會認為此種新聞處理方式非常不當。

       農委會後續將積極推動國家植物園方舟保種計畫，目前正依專家意見修正中，期能為臺灣原生植物保種與永續保育利用而努力。