冬季期間常有寒流侵襲，對於不適合冬季養殖之熱帶魚種（如虱目魚、吳郭魚等），政府並不鼓勵於冬季養殖，以避免寒冬侵襲造成損失。惟部分漁友仍從事養殖，應自行評估越冬風險，確實加強越冬設備及管理措施，以避免寒害損失。

冬季期間從事養殖應加強防寒措施如下：

一、 於魚塭北側搭蓋防風棚，若為越冬溝之設施，棚蓋與水面之角度應小於30度，另可加強越冬溝之保溫、防寒、加溫設備。

二、 越冬溝蓄養數量因環境、條件、種類而異，如虱目魚蓄養密度以每立方公尺1.3公斤以下為宜；另善用益生菌可降低疾病發生率。

三、 寒流來襲時，儘量避免有驚動魚塭內魚群之行為，例如：強光照射及魚池內任何擾動及聲響刺激。

四、 避免過度擾動水體，導致水溫下降，關閉傳統水車，並視養殖密度適度供給氧氣，如打氣或美國水車(深水增氧水車)。

五、 寒流期間，應注意水溫變化，水溫若低於15℃時，應採緊急措施，可於魚塭北側或避風處增加高溫水源，降低死亡率。

六、 寒流來襲後，待水溫及魚體狀況回穩，浮於水面之魚體須馬上撿除，防止水質惡化。

七、 投餌料：在氣溫回升、暖和之日，方可依情況酌投飼料。