口蹄疫是偶蹄類動物的惡性傳染病，屬「動物傳染病防治條例」之甲類動物傳染病。本病不僅引起動物的水?性疾病更造成重大的經濟損失。台灣從1997年起到目前共發生兩次口蹄疫病毒入侵事件。第一次在1997年3月，由豬專一性的病毒株(O/Taiwan/97)所引起，這株病毒不會感染豬以外的偶蹄類動物。當時的爆發感染造成了約四百萬頭豬隻的撲殺及每年超過兩佰億台幣的經濟損失。第二次口蹄疫病毒入侵是在1999年6月，病毒最早是從金門的黃牛所分離到的，這株病毒不會引起臨床症狀，可能是由保毒動物所排放的病毒所感染，在此描述當時如何發現病毒感染始末。

　　88年5月中旬，亞洲華爾街日報率先披露中國大陸之福建、雲南及西藏三省爆發牛、豬口蹄疫。因金門與福建僅相隔4公里，又傳聞兩地間走私風氣極盛，行政院農業委員會乃於5月下旬函請金門縣政府畜產試驗所及澎湖縣家畜疾病防治所採取轄區內的牛，羊血清及咽喉食道液送本所檢測。

　　本所於5月31日接到金門縣畜產試驗所送來的新瑤記、邵色福、周榮貴與良金四家牧場之咽喉液與血清檢體，6月2日檢驗結果顯示，新瑤記牧場與邵色福牧場各有2頭和1頭牛的咽喉液經PCR(聚合?鏈鎖反應)檢驗呈陽性反應，邵色福牧場所送5支血清中有2支的非結構蛋白抗體也呈陽性，有3支血清之中和抗體介於91至181倍。在沒有使用疫苗的情況下，這些黃牛有如此高的中和抗體，顯示黃牛感染過口蹄疫。問題是這些黃牛並無臨床症狀。因此我們針對現有的材料並重新採集新病材作深入的分析。

　　第二批檢體於6月4日送達，檢驗結果相當令人意外，新瑤記牧場血清的中和抗體從原先的全部陰性(陽性支數/送檢支數為0/10)轉變為全部高於181倍(送檢11支)，血清非結構蛋白抗體陽性率亦由原先的陰性(陽性支數/送檢支數為0/10)轉為54﹪(陽性支數/送檢支數為6/11)；而邵色福牧場之血清非結構蛋白抗體陽性率則維持在45﹪左右(陽性支數/送檢支數為10/22)。很明顯的新瑤記牧場在此段時間內黃牛的血清抗體已由陰性轉變為陽性，此代表病毒極可能已在動物體內增殖。

　　幸運地，在6月10日，新瑤記牧場之5月31日咽喉液檢體中的病毒在細胞培養中總算開始出現細胞病變，含有病毒的細胞培養液馬上進行PCR與口蹄疫抗原ELISA檢測，PCR產物並經過核酸序列分析。抗原檢測結果證實含有O型口蹄疫病毒，核酸序列分析結果則顯示此病毒與原先感染豬隻的O/Taiwan/97株的核酸相似性只有83.7﹪，倒是和中東之病毒株相似性高達96﹪以上，因此我們將此病毒命名為O Kinmen(但國際畜疫會之命名O/Taiwan/99)以與O/Taiwan/97區別。由於O Kinmen株在細胞上的生長速率極緩慢，對黃牛的毒力也不如O/Taiwan/97對豬隻的影響，感染黃牛後除無臨床症狀外，連排毒也只是間歇性而已。由此推論此O Kinmen株病毒可能是保毒動物的排毒現象所造成的。然而此病毒尚維持著高度的接觸傳染性，因此對此株病毒的追蹤與摘除實為刻不容緩的工作。

　　我們同時也將從新瑤記牧場所分離的病毒與血清送到英國口蹄疫世界參考實驗室(Pirbright)做病毒與血清鑑定，結果顯示：(一)新瑤記分離的細胞液含有O-型口蹄疫病毒。(二)新瑤記牛隻血清均含O-型口蹄疫抗體與非結構蛋白抗體。(三)核酸定序結果亦顯示O/Taiwan/99與中東分離株相近。這些檢驗結果均與本所所作一致。

　　在確定金門牛隻已遭O-型口蹄疫病毒入侵後，疫情監測工作全面展開。金門尚有陳承才與吳文德二家牧場有非結構蛋白抗體陽性與中和抗體力價上升的現象，亦被列入撲殺場。緊鄰新瑤記與邵色福之陳承才牧場，其送檢血清之中和抗體全部在256倍以上。而於金門東北角的吳文德牧場檢體經病毒分離呈陽性，抗原檢測結果亦證實為口蹄疫病毒感染。另外於7月6日我們又從金門周鍚達牧場黃牛所採之咽喉食道液用PCR直接檢測到O/Taiwan/99病毒的核酸，其血清陽轉現象亦非常明顯，因此該場之黃牛亦被撲殺。

　　由於金門地區約有3,000頭牛隻，其中一部分黃牛輸入台灣屠宰。調查結果顯示新瑤記與邵色福牧場的黃牛曾於5月份輸入台灣，流向台南縣善化鎮牛壚劉三和的繫留場與板橋江子翠供屠宰，因此必須對這些屠宰場及周邊3公里內的牧場進行追蹤檢測。果然從劉三和與周邊的黃文祥牧場之檢體中分離到口蹄疫病毒，並經過PCR與核酸序列分析，其核酸序列與O/Taiwan/99株之相似性分別高達99.6﹪與99.8﹪。而楊萬益牧場雖未分離到病毒，但PCR檢測呈陽性反應，且核酸序列分析與O/Taiwan/99株之相似性達98.8﹪。另曾向楊萬益牧場與雲林縣虎尾鎮王文通牧場購買牛隻的新化鎮張滄哲牧場，後來經檢測結果非結構蛋白抗體陽性率為92﹪，中和抗體32倍以上之比率為100﹪，核酸序列比對與O/Taiwan/99株之相似性為99.6﹪。至於北部方面，從板橋江子翠之周邊牧場並未檢出陽性場。

　　至此，與金門新瑤記和邵色福有黃牛買賣的本島所有可疑牧場都經證實為陽性場，並基於緊急防疫需要已立即全場撲殺，及時的監測盼能有效的切斷O/Taiwan/99株在台灣本島擴散的危機。

　　截至12月31日止，我們共檢測台灣、金門與澎湖超過16,777支血清，除上述10個撲殺場外，於台灣與澎湖所幸未再檢測到陽性場。O/Taiwan/99株口蹄疫之危機可說暫告一段落，惟監測工作仍持續進行著。歷經這些檢測、撲殺及預防過程，不禁令人感慨少數人的走私竟讓全台付出如此重大代價的又一例證!