一、推動健康農業，保障民眾飲食安全

1. 整合建構農產品安全無縫管理體系，全面強化藥物殘留監測；落實屠宰衛生檢查，確保消費者權益。
2. 推動安全驗證體系，發展吉園圃、CAS、有機及產銷履歷（選擇適當產品並與國際接軌）農產品，強化驗證機構管理，落實驗證稽核、產品檢驗及標章管理，保障消費者健康。
3. 健全動植物防疫檢疫體系，推動口蹄疫防除措施，防杜重大疫病蟲害入侵，開發有害生物整合性防治關鍵技術；強化農業疫病偵測，做好疫情通報與防治措施，提升農業用藥品質及管理，推動作物群組化農藥延伸使用制度，維護良好農業環境。

二、打造卓越農業，提升產業競爭力

1. 規劃成立農業科技研究機構，整合十大研究團隊，強化新科技研發與產學資源整合，發展具競爭力之優勢產業；創新研發具抗逆境能力之品種及技術，推動節能、節水、低碳排之新農業經營模式；加強農業智慧財產權之保護管理與運用，營運創新育成中心，加強農企業扶育，落實執行「農業生物技術產業化發展方案」，促進農業科技商品化、產業化。
2. 持續建設農業科技園區，鼓勵農業生技廠商提高投資，並進駐農業生物科技園區，形成產業聚落，結合農業科技研究資源，發展農業生物技術、蘭花、石斑魚、觀賞魚、種苗及種畜禽等產業，促進花卉、水果品種改良，輔導產業創新，選育具有氣候變化調適能力之種畜禽。
3. 全面提升農業體系之企業化經營能力；推動小地主大佃農計畫，結合活化休耕地措施，鼓勵老年農民將耕地長期出租予專業農民，擴大農場經營規模及企業化經營；加強企業化經營管理訓練，建立農業專業人員職能地圖，持續推動農民學院，培育新農民及專業農民；推動農業體系及產銷班企業化經營輔導，提高產業競爭力。
4. 發展精緻農糧產業，調整稻米產銷結構，建構糧食安全分級管理體系，兼顧糧食安全與經濟效益；活絡漁業經濟，開發觀賞魚外銷產業及新穎水產加工品，維持石斑魚養殖技術及產業發展領先國際；推動高效率畜牧生產系統，推行畜禽產業統合經營制度；落實農漁牧場登記，建立產業自主的產銷調節體系，推動農糧作物契作，穩定農漁產品產銷。
5. 全面發展農業技術與服務數位化功能，強化安全農業資訊體系；建構「農業資訊電子看板」，主動傳遞農業訊息；並透過多元服務管道，提供E化服務，提升政府服務形象。推動農產運銷現代化及電子化，提升運銷效率。
6. 持續深耕農產品全球市場，確保外銷產品品質及安全性；掌握日本、中國大陸等利基市場動態，加強國際宣傳促銷活動，提高臺灣農產品知名度；排除關稅與非關稅障礙，擴大外銷農產品品項。
7. 推動兩岸農業交流與貿易管理，落實推動兩岸農產品檢驗檢疫協議與保障農業智慧財產權；適當管制中國大陸農產品進口，維持進口秩序，減少農產品受進口損害。
8. 積極參與國際農漁業政府與非政府組織，強化國際諮商與合作，加強推動雙邊互惠農漁業合作，擴展農漁業發展空間，確保我國產業之永續經營；結合區域經濟體，共同建置區域緊急糧食儲備機制，確保糧食安全。

三、發展樂活農業，打造優質新農村

1. 結合產業文化、農村社區及相關資源，開發特色料理及多元農業伴手，建構優質休閒農業環境，發展符合環保低碳之綠色休閒旅遊，促進農業旅遊國際化；推動漁村旅遊，促進休閒漁業加值發展。
2. 推展森林生態旅遊及自然教育中心，整建全國步道系統，拓展綠色休閒旅遊市場；建設平地森林園區，打造節能減碳之生態知性園區。
3. 落實農村再生條例，輔導農村居民「由下而上」提出農村再生計畫，提升農村居住及人文品質；加強辦理培根計畫，凝聚社區共識；改善農村基礎生產條件，維護農村生態及文化；建構農村優質生活及健康照護體系，增進農村婦女及高齡者福祉。
4. 發展臺灣農業精品，包括臺灣名茶、農村美酒、經典好米、竹製精品、金鑽水產、優質畜產等，落實產地標示，結合當地產業文化，配合農村旅遊及消費者需求，行銷農業精品。
5. 強化農民組織功能與創新經營能力，輔導農漁會開發健康安全之農產品，透過精緻設計結合傳統與時尚，建立新興通路，評選農漁會百大精品。
6. 繼續發放老農津貼及農漁民子女就學獎助學金，辦理農業天然災害及農產品受進口損害救助，照顧農漁民生活。
7. 健全農業金融體系，發揮全國農業金庫功能，建置農漁業金融資訊共用系統，整合農漁業之金流、物流及資訊流；辦理農業專案貸款，提供農業經營資金需求；輔導農漁會善用農業信用保證機制，提升專案農貸執行成效。

四、落實永續農業，維護農業生態資源

1. 為確保我國海洋漁業優勢，參與國際漁業組織及提升資源研究能力；推動責任漁業，妥善保育資源及維護海洋生態，兼顧產業經營及漁業資源永續發展。
2. 結合農地資源調查，落實農地資源空間規劃，營造優質農業環境；強化多功能農田水利建設，改善灌溉排水設施，持續辦理農地重劃，提升灌排服務效率及用水效益，維護農民權益。
3. 強化動物保護工作，落實寵物管理制度，降低全國流浪犬數量，嚴查棄養及虐待動物案件。
4. 為協助受災農漁民復耕復建，本會依「農業天然災害救助辦法」公告辦理現金救助及低利貸款。針對不符合救助辦法資格之受災嚴重農漁民，辦理產業復建輔導專案措施，協助復耕復養。
5. 在重視國土保育、生態環境維護及適地適作之原則下，調整養殖漁業生產區功能，完備養殖區工程建設，營造優質安全之生產環境；輔導養殖漁業轉型發展，建構節水省能源的海水養殖系統，以及推廣節水節能措施。
6. 推動綠色造林，加強森林撫育，健全林地管理及集水區治理，維護生物多樣性，發揮國土保安及水源涵養等功能。
7. 建立入侵性動植物偵測防治系統，強化入侵生物之預防、偵測及消除。加強邊境管理，並針對威脅生態系、棲地或物種之主要入侵種生物建立管理計畫，維護生態環境。
8. 採軟體防災與硬體減災並重方式推動整體性治山防災，加速天然災害復建復育，提升水患防治成效，增進國土保安。
9. 加強山坡地監督管理，促進山坡地土地合理利用；強化土石流防災監測，提升全民防災意識，落實防災整備，建構社區防災安全機制。

五、強化行政措施，提升服務品質及效能

1. 本會全球資訊網（www.coa.gov.tw）除提供農業政策、最新消息等服務外，提供民眾各種休閒農業生活、農業知識等內容，並有多元版本便利民眾共享政府資訊。
2. 按季將獎補助社會團體、人民團體、財團法人、縣市政府及個人之獎補助經費資訊公告於機關網站，便利人民共享及利用政府資訊，增進人民對農業施政資源分配之瞭解、信賴與監督。
3. 加強各項特別預算執行，提升經費運用效益，以達成各項特別條例所賦予之特定目標。

六、妥善運用有限資源，促進研發成果加值應用：推動農業科技產業化整合策進工作，強化農業科技智財管理制度，促使農業科技研發成果移轉產業運用，並收取技術移轉金，以增加政府研發經費，提高農業科技研發技能，提升政府財務運用效能。

七、推動內外部學習機制，提升人力素質：建立完整之農業訓練體系，規劃系統性農業專業訓練與農場實習制度，培育新進農民，提升農業人力素質。推動在地生產、在地消費及低食物里程之飲食教育，加強農業後繼者育成、高齡者生活輔導，農村社區及農民組織整合，活化農村效能。

八、完備行政院組織改造規劃：完成組織調整各項配套作業，據規定依時程完成：「組織調整」作業、「員額配置（移撥）及員工權益保障」作業、「法制作業（含組織及作用法規）」作業、「預決算處理」作業、「財產接管及辦公廳舍調配」作業、「資訊移轉及系統整合」作業及「檔案移交」作業等7項。

九、提升研發量能

1. 研究經費比率：本會針對年度政策規劃、執行及評估所進行之研究及調查，或與業務、行政管理措施相關之研究經費，占本會(不含所屬機關)年度預算0.11%以上。
2. 推動法規鬆綁：本會主管法規數為302件，經調查101年主管法規檢討訂修法規預定完成件數為32件。

十、提升資產效益，妥適配置政府資源

1. 年度資本門預算執行率：本會主管年度資本門實支數、資本門應付未付數及資本門賸餘數總計，應達年度資本門預算數90%以上。
2. 各機關中程歲出概算額度內編報概算數：本會主管年度歲出概算編報數與年度中程歲出概算額度核列數之差，應低於年度中程歲出概算額度核列數4.98%。

十一、提升人力資源素質與管理效能

1. 機關年度預算員額增減率：本會及所屬機關員額於101年度無增減情形。
2. 推動終身學習：依規定推動終身學習達成最低平均學習時數並較前年度成長3％以上或當年度之平均學習時數達100小時以上，及當年度各主管機關（含所屬機關）自行辦理或薦送參加其他機關辦理1日以上之中高階公務人員培訓發展性質班別之中高階公務人員參訓人數達該主管機關（含所屬機關）之中高階公務人員總人數40﹪以上，上述兩項本會及所屬機關至少達成2項。