2013年7月16日確診鼬獾感染狂犬病後，本會立即啟動各項緊急防疫應變措施，包括：為高風險地區犬貓免費注射疫苗，以建立保護帶；透過新聞及媒體宣導，提高民眾防疫警覺性；增加狂犬病監測數量，以有效掌控疫情發生狀況；設立狂犬病通報專線0800-761-590。截至2013年底共監測3,089例，其中276例鼬獾、1例錢鼠及1例被陽性鼬獾咬傷隔離中之幼犬確診為狂犬病，狂犬病病例之分布仍控制在山區的野生鼬獾，顯示各項緊急應變措施已獲得成效。

　　雖狂犬病疫情已獲得控制，惟該病毒仍有潛伏期，防疫工作不可放鬆，後續防疫重點如下：

1. 持續監測狂犬病疫情：監測範圍除野生動物外，另包括案例發生鄉鎮之犬貓；本會林務局各林區管理處亦採取被動監測工作，收集路死或異常食肉目動物，同時監測委辦之野生動物收容體系所收容之食肉目動物；另針對發生特殊案例之地區進行疫情訪查。
2. 提高狂犬病疫苗預防注射率：加強廣宣使全國狂犬病預防注射率提升至70％以上；提供疫苗免費施打，使案例發生鄉鎮與山地原住民鄉等高風險地區，及有鼬獾出沒卻未發生案例之9個縣市等地區犬貓疫苗施打率達90％以上；另規劃2014年1月起對未施打疫苗犬貓之飼主加強取締及裁罰。 
3. 加強動物管理：強化飼主責任－不棄養寵物、攜帶家中寵物定期施打疫苗；另加強流浪動物管理，持續與動物保護團體溝通，尋求最適合之管理方式。 
4. 設立狂犬病區域初篩實驗室：補助大學獸醫學系設立狂犬病區域初篩實驗室，提升初篩量能，縮短檢驗時程，使本會家畜衛生試驗所可專責在咬傷人案例之動物、區域初篩實驗室檢測為陽性而後送檢體之確診工作，及狂犬病流行病學與檢診技術之開發研究。 
5. 疫苗儲備：以本次案例發生之鄉鎮與山地原住民鄉，及9個縣市有鼬獾出沒但尚未發現案例之鄉鎮犬貓施打數估算所需儲備疫苗數量，計儲備疫苗25萬劑，當疫苗數量低於15萬劑時，則啟動採購機制。 
6. 研究發展：針對鼬獾族群分布、密度、習性、狂犬病盛行率及不同物種間病毒傳播之情形，進行研究調查，以作為防疫策略調整之參據，同時以流行病學角度分析研究，釐清病毒來源，並針對口服疫苗對鼬獾之適口性進行評估開發；對於鼬獾狂犬病病毒致病力動物試驗，以審慎態度評估，如確實需執行亦遵守3R（減量、替代、精緻化）原則，並在實驗動物照護及使用委員會之嚴格監督下進行。 
7. 森林遊樂區及平地森林園區施行犬貓禁止入園之管制：本會林務局於臺灣發生鼬獾狂犬病疫情後，立即宣導遊客進入轄管遊樂區及進行登山活動時，勿攜帶寵物同行，及避免接觸、餵食野生動物，以防疫情擴散；並公告自 2013 年 8 月 1 日起 22 個森林遊樂區及 3 處平地森林園區，禁止攜帶犬貓入園。