一、9月1日公告修正「活甲殼類及軟體動物之輸入檢疫條件」，主要修正重點為刪除非屬檢疫規定之野生動物保育法及食品衛生管理法相關規範、輸出前之臨場檢查時間自輸出前3日內改為7日內，並增列種原及實驗用專案輸入檢疫規定等。

二、9月3日至7日派員出席在日本福岡舉行之「中西太平洋漁業委員會」（WCPFC）北方次委員會第14屆會議（NC14）暨太平洋黑鮪漁獲文件機制（CDS）技術會議，與各國就太平洋黑鮪、北太平洋長鰭鮪等北方海域內特定魚種之魚種資源狀態及管理進行討論，同時針對太平洋黑鮪漁獲文件機制交換意見，維護我國相關權益。

三、9月4日舉辦各縣市農業機械耕作服務協會授旗活動，約700餘位機耕業者出席，由本會林主任委員聰賢逐一授旗予14個縣市機耕協會；活動中另安排農務e把抓及機耕服務平台（農機Uber）等宣導，期藉由組織化及資訊化，提供農友更便利之農機耕作服務。

四、9月5日同意法國系統性認證設施生產之豬肉及其產品於符合「偶蹄類動物肉類之輸入檢疫條件」及相關食品查驗規定後得輸入我國。

五、9月6日邀集屏東縣政府及該縣洋蔥主要產區農民團體成立高屏地區洋蔥產業策略聯盟，該聯盟設有生產控管小組、加工媒合小組、內銷通路小組、外銷通路小組及貯存供應小組等5個工作小組，並於恆春鎮農會召開第1次生產控管小組會議，共同穩定洋蔥產銷。

六、9月6日舉辦「107年度農業創新育成中心聯合畢業成果發表會」，頒發8家育成廠商畢業證書，涵蓋動物疾病檢驗、寵物產品開發、種鵝智慧管理、生物分解資材及洋菇菌種等領域，現場亦請畢業廠商分享進駐成功經驗，並展示相關成果。

七、9月7日公告「克絕座賽胺」1種新農藥及增修「三氟派瑞」等20種農藥之使用方法及其範圍，提供農民田間有害生物防治應用。另自105年起田間監測及邊境檢疫均未再發現梨花枯病，因此刪除梨花枯病4種緊急防治藥劑之使用方法與範圍。

八、9月7日及8日在台北國際會議中心舉辦「第6次全國農業會議」，以「全民農業 共創新局」為中心議題，邀請產官學各領域代表超過300位，針對農業重要課題凝聚共識，產出73項具體結論及27項重要亮點。本次會議落實公民參與政策形成模式，受到蔡總統及行政院賴院長高度肯定，後續結論亦將採「擬定政策」、「修訂法規」、「編列預算」及「執行管考」等手段，落實推動。

九、9月12日公告「賽安勃」及「賽派芬」2種新農藥及增修「安美素」等9種農藥之使用方法及其範圍，提供農民田間有害生物防治應用。

十、9月14日公告「比利時自非洲豬瘟非疫區刪除，自即日生效」，並周知相關利害關係人，該國活豬、豬精液、豬胚及豬肉產品禁止輸入我國；公告生效日（不含）前已裝船（或裝機）運往我國之上述動物及產品，不在此限。

十一、9月14日舉辦「2018世界巧克力大獎-亞太區競賽頒獎典禮」記者會，此為臺灣首次成功爭取舉辦ICA（International Chocolate Awards）世界巧克力大賽亞太區競賽，大幅提高臺灣可可產業國際能見度與知名度，除公布得獎名單外，並設置展示區域，形塑屏東可可產業地方品牌，協助邁向國際化市場。

十二、9月14日本會及所屬各相關機關成立山竹颱風災害緊急應變小組，展開各項緊急應變相關事宜；對於颱風所造成之農業災情，本會依法公告辦理農業天然災害現金救助及低利貸款地區，項目如下：

（一）9月28日公告花蓮縣光復鄉為辦理香蕉107年山竹颱風農業天然災害現金救助地區及低利貸款地區。

（二）9月28日公告臺東縣金鋒鄉為辦理洛神葵107年山竹颱風農業天然災害現金救助地區及低利貸款地區。

十三、9月15日舉辦內洞國家森林遊樂區復園活動，該遊樂區前因受災而封園3年，經修復完成，重新開放民眾同享區內孕育豐富的蕨類植物及烏來特有的動植物資源，以及其中饒具特色的內洞瀑布等景點。

十四、9月17日辦理「大義崙排水第一制水閘改善工程」竣工啟用典禮，該工程主要係擴大閘門寬度，並採用傾倒式閘門，加大通水斷面，以避免雜物阻塞，讓農民有更穩定的灌溉水源，同時配合經濟部水利署及雲林縣政府整體改善計畫，加速改善上游地區排洪問題。

十五、9月18日至20日召開「第25屆臺美農產品檢驗檢疫技術工作小組諮商會議」，我方由本會動植物防疫檢疫局馮局長海東擔任團長，並偕同衛生福利部食品藥物管理署專家出席；美方由農業部動植物檢疫局（APHIS）副署長Osama El-Lissy擔任團長，率美國首席獸醫官Dr. John Clifford與APHIS及農業部海外農業署（FAS）專家與會，共同磋商臺美雙邊食品安全檢驗及動植物防疫檢疫（SPS）領域26項議題；會後邀請美方專家參訪本會家畜衛生試驗所，針對非洲豬瘟及其他動物疫病診斷鑑定作業資訊進行交流。

十六、9月19日舉辦太平山國家森林遊樂區內蹦蹦車復駛典禮，該蹦蹦車前因颱風災害而停駛，經6年修復及密集的安全試運轉測試後，已重新復駛；復駛後的蹦蹦車仍採開放式車廂，提供遊客搭乘體驗優質森林場域。

十七、9月20日公告修正「應實施輸入植物檢疫品目」部分規定，自9月28日生效，主要修正重點為新增43種經乾燥、染色、加工切片（碎）或製粉之低檢疫風險品項之免施檢疫條件，並刪除40種無檢疫風險品項之B01簽審規定。

十八、9月23日至10月1日本會動植物防疫檢疫局與各縣市動物防疫機關同步進行狂犬病防疫宣導與巡迴施打疫苗活動，並補助中華民國獸醫師公會全國聯合會（簡稱全聯會）陸續於9月28日（世界狂犬病日）前後，與動物防疫機關於花蓮縣及臺東縣加強辦理4場狂犬病預防注射宣導活動；另與全聯會及新竹縣家畜疾病防治所於9月29日在新竹縣竹北公園共同辦理「世界狂犬病日宣導活動」，提醒民眾每年為其飼養犬貓施打狂犬病疫苗的重要性。

十九、9月25日至28日印度商工部農業與加工食品輸出發展局（APEDA）及印度臺北協會代表組團來臺對我進行有機同等性實地查證作業，分別至慈心有機驗證股份有限公司、中華驗證有限公司等2家驗證機構進行總部評鑑見證及現場稽核見證，並安排訪視本會農業藥物毒物試驗所及財團法人全國認證基金會（TAF）。

二十、9月26日與中央研究院共同簽署「臺灣農村社會文化調查合作協議書」，雙方將展開首次跨機構、跨科際合作，對臺灣農村之人類生態及其歷史變遷進行為期5年之系統性調查，以建立臺灣農村環境、產業、社會、文化及歷史變遷等關鍵人文社會因素之資料庫，並運用此資料進行跨學科之分析研究。

二一、9月26日舉辦107年度稻米達人冠軍賽頒獎典禮，藉以鼓勵精進栽培品質及重視稻米安全的優秀農友；本次臺灣好米組冠軍為臺東縣關山鎮莊炘原農友、亞軍為屏東縣崁頂鄉葉慶明農友、季軍為臺東縣池上鄉張壯鑑農友；臺灣有機米組冠軍為臺東縣池上鄉曾鵬璋農友、亞軍為桃園市新屋區李永清農友、季軍為花蓮縣玉溪地區曾國旗農友。

二二、9月27日至29日在台北世界貿易中心「2018台灣創新技術博覽會」設置「永續發展館」，與經濟部能源局、國營事業委員會及行政院原子能委員會核能研究所聯合籌辦，以「永續發展之星」及「亮點技術」作為展示焦點，並設有國際區邀請10家國際/民間機構展出。此外，本會以「新農業」為主軸，規劃「農業新典範」、「農業行銷力」及「農業安全體系」3大主題區，共展示41項農業科技研發成果。

二三、9月29日及30日在松山車站Citylink舉辦第3屆百大青農畢業授證典禮暨青農產品聯合展售活動，展現青農輔導成果；第3屆百大青農計113位，經提供2年專案輔導後，明顯成長躍進，包括成立產銷班7班、合作社5家、農企業16家，帶動當地產業群聚效益，平均產值提升74%。