農業發展條例於89年1月26日修正公布施行，依該條例第十八條第五項規定：「前四項興建農舍之農民資格、最高樓地板面積、農舍建蔽率、容積率、最大基層建築面積、高度、許可條件、申請程序、興建方式、許可之撤銷及其他應遵行事項之辦法，由內政部會同中央主管機關定之。」案經內政部營建署邀集行政院農業委員會、行政院環境保護署、台北市政府、高雄市政府及各縣（市）政府研商，訂定「農業用地興建農舍辦法」，並於90年4月26日由內政部會銜行政院農業委員會發布施行。本辦法計12條，其重點說明如次：

第一條　明定本辦法訂定法源依據，係依農業發展條例第十八條第五項規定訂定之。

第二條　明定依「農業發展條例」第十八條第三項規定申請興建農舍，不受本辦法所定申請興建農舍相關規定之限制。其申請興建農舍，得依都市計畫法省（市）施行細則、臺北市土地使用分區管制規則、實施區域計畫地區建築管理辦法、建築法、國家公園法及其他相關法令規定辦理，不受本辦法所定申請興建農舍相關規定之限制。

第三條　明定申請人之資格限制，申請興建農舍之申請人應為農民，其資格應符合下列條件，並經直轄市、縣（市）主管機關核定：

1. 年滿20歲或未滿20歲已結婚者。

2. 申請人之戶籍所在地及其農業用地，須在同一直轄市、縣（市）內，且其土地取得及戶籍登記均應滿2年者。但參加集村興建農舍者，不在此限。

3. 申請興建農舍之該宗農業用地面積不得小於0.25公頃。但參加集村興建農舍及於離島地區興建農舍者，不在此限。

4. 申請人無自用農舍者。

5. 申請人為該農業用地之所有權人，且該農業用地應確供農業使用，並屬未經申請興建農舍之農業用地。

第五條　明定不得興建農舍之用地類別，若申請申請興建農舍之土地，有下列情形之一者，不得依本辦法申請興建農舍：

1. 依區域計畫法編定之水利用地、生態保護用地、國土保安用地。

2. 工業區內農牧用地、林業用地。

3. 其他違反土地使用管制規定者。

　　第五條明定申請農舍應備具之書圖文件，包括申請書、主管機關依第三條有關資格條件規定之核定文件、地籍圖謄本、土地權利證明文件、土地使用分區證明、工程圖樣（農舍平面圖、立面圖、剖面圖及農舍配置圖）。

第六條　明定興建農舍應注意下列事項：

1. 農舍興建圍牆，以不超過法定基層建築面積範圍為限。

2. 地下層每層興建面積，不得超過基層建築面積，其面積應列入總樓地板面積計算。但防空避難設備、裝卸、停車空間、機電設備空間，符合建築技術規則建築設計施工編第一百六十二條規定者，得予扣除。

3. 申請興建農舍之該宗農業用地，扣除興建農舍土地面積後，供農業生產使用部分應為完整區塊，且其面積不得低於該宗農業用地面積90﹪。

4. 興建之農舍，應依建築技術規則之規定，設置建築物污水處理設施。

5. 農舍之放流水應排入排水溝渠，其排入灌溉專用渠道者，應經管理單位同意；其排入私有水體者，應經所有人同意。

第七條　明定農業用地興建圍牆、興建地下層及興建個別農舍有關興建方式、最高樓地板面積、農舍建蔽率、容積率、最大基層建築面積、樓層數、建築物高度、許可條件等規定，應依都市計畫法省（市）施行細則、臺北市土地使用分區管制規則、實施區域計畫地區建築管理辦法、建築法、國家公園法及其他相關法令規定辦理。

第八條　明定集村興建農舍有關戶數、基層建築面積、建蔽率、容積率、道路寬度、與道路境界線之距離、公共設施、已以集村方式興建農舍之農民，不得重複申請在自有農業用地興建農舍等規定。

第九條　明定為防止農業用地重複申請之管制方式。

第十條　明定起造人提出申請興建農舍之資料不實者，直轄市、縣（市）主管機關得撤銷其核定，主管建築機關得撤銷其建築許可，且經撤銷建築許可案件，其建築物依相關土地使用管制及建築法規定處理。

第十一條　明定直轄市、縣(市)主管建築機關得訂定農舍標準圖之法源依據。

第十二條　明定本辦法施行日期。