鑑於國際間加速經貿自由化，糧食安全問題再受國際關注，國內復面對糧食消費結構改變、農民福利需求日益殷切及自然環境品質劣化等農業發展新情勢，爰配合「跨世紀國家建設計畫」，研擬兼具整體性、前瞻性與國際觀的「跨世紀農業建設方案」，將接續「農業綜合調整方案」，自87年度起實施，為期四年，全案包括12項策略，54項重要措施及159項計畫或工作項目，其主要內容摘要如下：

一、政策目標
1.發展現代化農業：追求「效率」與「安定」。
2.建設富麗農漁村：追求「富裕」與「自然」。
3.增進農漁民福祉：追求「信心」與「尊嚴」。

二、本方案之特性
　　本方案除保有農業施政的一貫性與延續性，亦應當前環境之需要，規劃以下之特性與重點：
1.整合性的農業施政規劃：以功能性目標整合相關資源，期發揮整體性功效。
2.以直接給付取代價格補貼：因應國際規範，減少國內補貼，實施直接給付，使資源利用合理化。
3.強調效率與安定並重：追求效率以發展產業，同時建立安定的經營環境以穩定農業經營。
4.兼顧農民與消費者福祉：不但提昇農民的福祉，同時保障消費者的食品消費權益。
5.維繫農業生產與生態和諧：農業生產須兼顧環境生態之平衡，以維繫二者相輔相成的和諧關係。

三、實施策略及措施
1.建立安全與均衡糧食生產制度
　　推動「水旱田利用調整計畫」，稻米生產目標由自給自足調整為供需平衡，並提高良質米市場占有率；逐年調減保價收購雜糧之收購數量，實施現金直接給付；並推動符合地區特性之輪作制度及地力維護措施。
2.發展具高度競爭力的農漁牧產品
　　輔導具比較利益之重點農作產業發展，實施「提昇農業產業競爭力計畫」，以改善產業體質，提昇農業競爭。規劃推動整體漁業發展、健全動植物檢疫防疫體系、建立獸醫診療及牧場自衛防疫制度，並推動豬病防治工作。
3.輔導具企業經營理念的產銷組織
　　推廣設置重要農產品產銷班，改善經營結構。加強青年農民培訓，培育專業化、現代化的農漁民領導人才及後繼農業工作者，建立農業經營管理輔導體制，並辦理農漁民之轉業訓練。
4.建立效率與服務的運銷體系
　　建立批發市場電腦拍賣制度，鼓勵興建現代化批發市場；擴大辦理共同運銷，整合農漁會區域直銷網，並針對產品特性規劃整體促銷活動，建立國產農產品品牌信譽。
5.創造安定的農業經營環境
　　選擇重要農產品或具價格敏感性產品，優先建立產銷預警制度；配合WTO農業規範，調整農產品及農用品之進口關稅，訂定農產品關稅配額制度。繼續實施農漁業融資等優惠措施，並加強辦理農業天然災害救助，簡化災害救助作業程序。依據「農產品受進口損害救助辦法」辦理農產品進口損害救助。
6.發展政策導向的產業科技
　　研發兼顧市場需求與生態保護之重點產業科技，配合「加強生物技術產業推動方案」，使生物技術在農業產銷上發揮最大功能。並強化農業科技研究群功能及整合區域農業推廣體系，加速農業自動化與資訊科技應用，使農業科技落實至農場。
7.推動兼顧人文與自然的農漁村建設
　　結合實質建設、景觀維護與農村產業，推動整體性農漁村建設及偏遠地區農漁村綜合發展，健全農漁民社會安全體系。結合產業特性，整體規劃休閒農業區，塑造地方產業文化特色。
8.推廣和諧永續的農業經營
　　規劃兼具水土保持、生態保育及遊憩之多目標森林生態系經營。推動「全民造林運動綱領暨實施計畫」及集水區整體規劃治理。強化農業灌溉水質監測、管理系統及回歸水利用，輔導養殖業合理使用水土資源。加強野生動植物保護及自然景觀維護；執行「肥料政策調整方案」，建立作物永續栽培系統。提高畜牧場污染防治設施率，加強廢棄資源再生利用。
9.促進農業資源的合理利用
　　落實推動「農地釋出方案」，合理分配及利用農地資源，依地區特性規劃辦理農地重劃及改善早期重劃區農水路；建立農地合理租賃制度，鼓勵訂定長期農地租賃契約，有效維護與調配利用灌溉用水，擴大推動省水灌溉，研擬農業用水合理移用制度。
10.建立消費者對本土農業的信心與支持
　　建立農產品衛生安全檢驗制度，加強農藥管理與檢測，擴大辦理CAS優良農產品標誌制度。強化畜產品衛生檢驗體系，推動養殖水產品品質衛生監視檢驗體系，確保產品品質衛生。
11.強化互惠互利的國際農業合作
　　推動南向農業合作，與印尼等東南亞國家加強雙邊農業合作及投資。積極參與亞太經濟合作等區域性國際組織之農業活動與計畫，推動與美、日、歐盟等先進國家之農業科技研究合作，加強推動國際生態保育計畫，輔導業者發展海外農業投資。
12.推動雙贏的兩岸農業交流
　　推動兩岸農業科技、人才與種原交流，促進兩岸農業發展。建立兩岸貿易秩序，加強間接貿易管理。並協商調處兩岸漁事糾紛，建立兩岸漁船海上作業發生糾紛時之有效處理模式，減少漁船作業衝突。

四、預期績效指標
1.維持適度農業成長：平均每年農業GDP成長率約為0.5%。
2.提高農業總產值：農業總產值由84年4,111億元增加至90年5,050億元。
3.提高農家所得：平均每戶農家所得由84年62萬3千元增加至90年90萬元。
4.提高農業勞動生產力：農業就業人口占總就業人口比率由10.6%降至 8.1%，每就業人口生產力平均每年提高3.6%。