1.推動兩岸農業科技、人才與種原交流: 基於互惠互利原則,循序推動兩岸農業人員互訪及科技與種原交流等活動,交換農業發展經驗,促進兩岸農業發展。
2.建立兩岸貿易秩序: 在不影響國內產業發展下,依照政府核准項目辦理間接進口並加強管理,對國內農業有不利衝擊之項目則不予准許進口以建立兩岸貿易秩序。
3.協商調處兩岸漁事糾紛: 透過海基會與海協會之既有管道,協商建立兩岸漁船海上作業發生糾紛時之有效處理模式,減少漁船作業衝突。