法規是執行政策之重要工具，行政機關為達成政策目標及行政目的，必須制定合宜之法規，並隨時檢討修正現行法規，以符合政策之方向。本會秉持上述原則，每年均提出立法計畫，以配合農業政策之推動。另為保障人民行政救濟之權益，本會受理農業有關之訴願案件，均秉持公正客觀之立場，為人民循求最有利之決定，並適時指摘下級機關之行政疏失，提供改正參考，以提昇依法行政之精神。

　　為因應經濟、社會發展，達成農業施政目標及施政目的，本會配合推動對於法規之研修，訂有年度立法計畫及法規整理計畫，以為整理法規之準據。迄 90年12月 31日止，本會主管法規計202種，其中法律 27種；法規命令 175種。

(一)訂定法規命令

　　90年完成訂定法規命令有「林務發展基金收支保管運用辦法」、「山坡地開發基金收支保管及運用辦法」、「農田水利會財物處理辦法」、「農業天然災害救助基金收支保管及運用辦法」、「農業用地興建農舍辦法」、「農業廢棄物共同清除處理機構管理輔導辦法」、「動物實驗管理小組設置辦法」、「農田水利會監督輔導辦法」、「行政院農業委員會科學技術研究發展成果歸屬及運用辦法」、「農會出資或投資審核辦法」、「集村興建農舍獎勵及協助辦法」、「土石流災害救助種類及標準」等12種。

(二)修正法規

　　90年修正法規有「動植物防疫檢疫局組織條例」、「動植物防疫檢疫局所屬各分局組織通則」、「植物防疫檢疫法」、「動物保護法」、「農會法」、「漁會法」、「農田水利會組織通則」、「行政院農業委員會動植物防疫檢疫局基隆分局辦事細則」、「行政院農業委員會動植物防疫檢疫局新竹分局辦事細則」、「行政院農業委員會動植物防疫檢疫局台中分局辦事細則」、「行政院農業委員會動植物防疫檢疫局高雄分局辦事細則」、「行政院農業委員會動植物防疫檢疫局辦事細則」、「從事農業工作農民申請參加農民健康保險認定標準及資格審查辦法」、「動物用藥品管理法施行細則」、「飼料或飼料添加物檢驗費及製造輸入登記收費標準」、「飼料添加物使用準則」、「動物傳染病防治條例施行細則」、「漁船船員管理規則」、「臺灣地區漁船船主接駁受僱大陸地區船員許可辦法」、「動物用藥品檢驗標準」、「實際從事農業工作者申請參加全民健康保險認定標準及資格審查辦法」、「娛樂漁業管理辦法」、「農業實驗研究教育及推廣人員獎勵辦法」、「農會法定公積公益金及各級農會推廣互助訓練經費保管運用辦法」、「漁船建照許可及漁業證照核發準則」、「糧食管理法」、「動物傳染病防治條例」、「獸醫師法」、「國有林林產物處分規則」等29種。

(三)廢止法規

　　90年廢止法規有「乳業管理規則」1種。

　　90年共受理訴願案件379案、復審案件1案，合計380案，連同89年未結移列者114案，總計本年度收辦案件共計494案，均依訴願法規定，並經本會訴願審議委員會審議決定，迄 90 年底共辦結402案，其中駁回 310 案、撤回 11 案、撤銷原處分或原決定56案、移轉其他機關管轄25案、未結92案。