耕作方式改變、密集連作、長期肥料失衡、藥劑不當使用，與自然環境之變遷，造成土壤微生物族群之失衡，是導致土壤傳播性病害之原因。其發生是漸進的，初期之為害程度不會明顯，但病原菌是呈級數繁殖，到發現時，往往呈爆發性危害而難以收拾。因此要長久防治土壤病害並無速效性的方法，必須從根本作起才有可能。

　　桃園區農業改良場近年篩選能抑制土壤傳播性病害之木黴菌，分別利用玉米桿粉-蔗渣-泥炭土(3:1:100)調配成固體基質培養，以及用蔗糖蜜(Molases)、硫酸銨、玉米桿粉及蔗渣調配，碳氮比為50-80之液體培養基，進行木黴菌之厚膜孢子增殖量產，成果已達應用階段，往後將朝商業化製劑發展。

　　目前，以固體基質培養之木黴菌，混拌至甘藍育苗介質防治苗立枯病試驗結果， 木黴菌接種三天後，可使立枯絲核菌之檢出率自28% (1.5繁殖體/克) 降至2% (0.12繁殖體/克) 以下，甘藍苗之苗立枯病發生率降至3%以下，有效抑制其危害。在萵苣苗立枯病與萎凋病之防治上，種子於接種木黴菌之育苗介質預措24-36 hr，再播種則受立枯病之感染率可降至12%（圖1, 2），而在不添加木黴菌之泥炭土中預措，播種後受害率為28%，不作預措之種子，受害率為45%，但種子若在Polyethyleneglycol溶液中預措，則木黴菌會呈休眠狀態，無法表現保護作用。因此，利用木黴菌作種子預措，須慎選預措用之溶液或介質。

　　萵苣萎凋病防治結果，施木黴菌再施蔗渣堆肥可使發病率降至7.1％較對照之24.7％具顯著之效果（圖3, 4），而產量分別為23,000 kg/ha，較對照之18,900 kg/ha高。在甘薯萎凋病防治之應用，土壤施木黴菌，每公頃再施苦土石灰4 噸或6噸，葉黃化指數分別為16.7％及7.2%。不施木黴菌而施苦土石灰4 噸或6噸之處理，則分別為26.1％及11.2%，而不施苦土石灰及木黴菌之對照為37.9％，顯示木黴菌及苦土石灰均能抑制萎凋病。產量方面之比較，施木黴菌且施苦土石灰4 噸或6噸之處理，分別為17,056公斤/公頃及12,056公斤/公頃。不施木黴菌而施苦土石灰之處理則為分別16,638公斤/公頃及12,556公斤/公頃。不施苦土石灰及木黴菌之對照為13,120公斤/公頃。若施苦土石灰6噸/公頃，雖葉片黃化指數較低，但過多之苦土石灰會使氮肥流失，且抑制土壤中之微生物總族群，對植物生長反而不利。

　　從防治試驗結果分析，土壤傳播性病害不能僅依靠拮抗菌作生物防治，而須與其他措施，如種子預措處理，土壤酸鹼值調整，以及適合的堆肥配合使用，才有更顯著的效果。