農委會表示，康芮颱風截至目前造成全臺畜牧場損失家禽 30 餘萬隻及肉豬 2 千餘頭，該會已立即請地方政府儘速協助受災畜牧場進行死廢畜禽清運及消毒工作，並將死廢畜禽以化製、掩埋或焚化方式處理，以避免流入市面，另請各產業團體及畜禽場加強生物安全措施，以減少疫病發生之風險。

        農委會呼籲，此次康芮颱風造成雲林、嘉義、臺南及屏東等地部分畜牧場損失，受災畜牧場請儘速向所在地鄉鎮市區公所通報災損。此外，該會已請地方政府協助受災農戶清理死廢畜禽，以及協調化製集運業者將前揭死廢畜禽運往化製場處理外，亦聯絡焚化爐及掩埋場協助處理，同時也請動物防疫機關於完成清運消毒後，加強疫病監控工作。

        農委會強調，該會已責成所屬畜產試驗所，積極配合地方政府進行受損災畜禽場勘災外，並啟動「畜牧產業服務技術團」提供重建及復養技術的服務，以協助受損農民。