針對部分媒體質疑立法院今(17)日凌晨三讀通過農田水利會組織通則修正草案等相關問題，以及對水利會改制政策的誤解，農委會回應，水利會改制升格是因應當前氣候變遷與農業生產結構改變，所必須採取的政策措施，對於改制後水利會人員之工作權保障、財產處置及農業水權等均已完整考量，該會將再與社會各界解釋、溝通，並於第二階段水利會改制規劃中，將社會各界的討論建言納入參考，以發揮農業水資源最大利用效益並服務更多農民。   

       針對媒體報導，水利會改制後將多創造2,000多個公務人員，造成政府財政負擔乙節，農委會表示，公務人員之資格取得，需通過公務人員國家考試，農田水利會人員雖經農田水利會考試錄取，惟該考試非屬國家考試，自無法以公務人員任用。為兼顧水利會員工權益保障及維護國家官制官規，農委會將與銓敘部、人事行政總處共同研商人事雙軌制，即公務人員及水利會人員雙軌並存，現有農田水利會人員繼續適用農田水利會人事管理規則，確保職員的工作權、升遷制度及退休金等，並制定農田水利會改制條例，以法律明文明定保障水利會人員工作權。此項人事制度設計，並無增加任何公務員員額，同時又能保障水利會人員工作權益，並無膨脹公務人員數額及損及水利會人員工作權疑慮。

       有部分人士稱水利會改制係巧取豪奪農民資產，違反憲法規定，農委會指出，水利會財產來源為政府補助、農民提供、繼承日治時代由當時政府興建、出資收購水利設施及依農地重劃條例登記等，又自民國83年農田水利會會費由政府全額補助以來，已超過20年，政府補助農田水利會營運、工程的經費亦超過1,200億，若無政府持續挹注經費，農田水利設施恐已老舊毀損，無法發揮灌溉給水功能。另從農田水利會公法人的性質來看，其財產亦屬公有財產之一環，改制後，農田水利會資產專款專用於農田水利事業，辦理渠道改善及清淤等相關工作，不但與改制前使用目的一致，更有政府持續挹助資源改善農田水利設施，讓農民享有更完善的灌溉服務。

       另就農田水利會改制為公務機關係為反民主之質疑乙節，農委會說明，社會已質疑曾有農田水利會選舉，出現僅擁有A4紙張大小農地即可投票的不合理現象；另農田水利會聯合會亦於104年3月6日會員大會通過提案，「因農田水利會會長暨會務委員選舉事務由水利會辦理，對財源困窘之水利會財務負擔沈重，勞民傷財；綜觀歷次選舉投票率均偏低，尚難反映農民會員真正的民意。農村社會每歷經一次選舉，地方裂痕隨之加深，造成派系惡鬥，致使會務推動困難，建議會長、會務委員改以遴派制度。」可見地方派系型選舉對於水利事業的傷害。再者，自民國83年起，由政府全部補助後，會員權利與義務已不對稱；加上現有農業經營型態明顯轉變，如全國農戶中兼業農民高達85%以上，另代耕業及小地主大專業農等制度盛行，導致近20年來，會員參與農田水利會會務之比率已逐漸滑落，以原台灣省農田水利會直選會長投票率分析，91年後投票率僅約25%，顯示農田水利會組織亟需改革，以因應當前農業社會型態的轉變。故在地方政治高度介入水利會選舉、會員參與度低及我國農業經營型態已產生明顯轉變下，農田水利會改制升格是一帖提升農民灌溉服務的良方，絕無反民主。

       對於媒體報導，農田水利會改制後，將移撥農業用水給工業使用，農委會強調，該會的任務為促進全國農業環境永續發展，農業水資源自當供作農業使用，該會將以農業水權國家調配的角度，發揮水資源最好的利用效率，並依據水利法第18 條農業水權優於工業水權之規定，持續捍衛農業用水，保障農業永續發展。