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恆溫環狀擴增法在動植物防檢疫之應用

防檢局 汪澤宏․宋嘉軒

一、前言

  目前在動植物防檢疫上的診斷鑑定上,除了傳統的形態鑑定及病徵診斷外,生化、生理等技術亦被廣泛的應用,諸如酵素連結免疫吸附法(ELISA)、聚合酶連鎖反應(PCR)技術以及生物晶片(biochip)。其中,以聚合酶連鎖反應的應用最為廣泛,如逢機增幅多態型-聚合酶連鎖反應(RAPD-PCR)、聚合酶連鎖反應-限制性片段長度多態性(PCR-RFLP)、多重聚合酶連鎖反應(Multiplex PCR)、巢式聚合酶連鎖反應(Nested PCR)、序列特徵化增幅區域(SCARs)以及即時聚合酶連鎖反應(Real-time PCR)等。近年有一種新的生化方法--恆溫環狀擴增法(LAMP, Loop-mediated isothermal Amplification),逐漸被應用在疫病蟲害的檢測上,反應時間雖然沒有比其它方法大量的縮短,但整體操作較為簡便,也可兼顧到準確度、敏感度的優點。

二、LAMP原理與方法

  恆溫環狀擴增法是日本學者Notomi等人於2000年所發表的一種新的核酸分子檢測技術。LAMP技術與PCR技術主要不同之處在於前者可以在恆溫下反應,所以只需要溫度能達到60-70?a C的簡單恆溫儀器,如水浴槽(water bath)或加熱板(heat block)。 LAMP 反應需要3組引子對(primers),分別為外引子對(outer primers)、內引子對(inner primers)以及環狀引子對(loop primers),其中的引子對必須針對目標物序列的特異區而加以設計,這樣檢測目標物才會具有專一性。而反應中除了引子對外,尚要加入Bst DNA聚合酶,這是從一種細菌(Bacillus stearothermophilus)所純化生產的酵素,它可在一個最適溫度(60-65?a C)與上述的引子對進行聚合作用,增幅出具有自我互補能力的DNA片段,形成具有莖環(stem-loop)的啞鈴型結構,藉此連續且重複反應,產生大量的DNA片段,在反應的過程中會有焦磷酸的釋放,與反應液中的鎂離子會形成白色的焦磷酸鎂(magnesium pyrophosphate)沉澱,隨著反應時間的增加,用肉眼即可觀察到大量的白色沉澱,也就是有檢測到目標物。有時尚可加入核酸染劑溴化乙錠(ethidium bromide)或SYBR Green I,然後用UV照射來觀察反應結果,效果比直接用肉眼觀察白色沉澱更佳。

三、LAMP的特點

  LAMP的特點大致有下列幾點:

  (一) 不需要昂貴的儀器,只需要水浴槽或加熱器等恆溫器即可。對於某些田間檢測、偏遠地區實驗室來說,相當簡單實用。

  (二) 因為引子對可辨識目標物6個特異性的區段,所以專一性相對提高。

  (三) 反應時間通常只需要40~60分鐘,相較於其它大多數的技術為快,所以可以節省反應時間,在檢防疫的檢測工作上相當有利。

  (四) 本方法的靈敏度當高,比一般PCR反應高100~1,000倍,可與Real-time PCR相差不多。

  (五) 檢測反應所產生的白色沉澱用肉眼或濁度計即可觀察,相當簡便。若再加入核酸染劑則靈敏度則更佳。

  (六) 只要加入反轉錄酶,對於RNA病毒或其它 RNA目標物亦可利用本方法來做檢測。

  (七) 如果實驗室有Real-time PCR的儀器,本方法亦可搭配該儀器進行目標物「定量」的檢測。

四、 LAMP在動植物防檢疫之應用

  目前應用LAMP在偵測植物防檢疫的例子並不多,在植物害蟲上尚未有正式的學術論文發表;而植物病害方面已有應用在馬鈴薯Y病毒(Potato virus Y)、柑橘黃龍病菌(Candidatus Liberibacter spp.)等。在動物防檢疫方面則有較多應用LAMP的研究,如魚類奴卡氏菌 (fish nocardiosis)、蝦類白點症候群(shrime white spot syndrome)、犬瘟熱病毒(Canine Distemper Virus)等。

  (一) 植物方面

  西方花薊馬(Frankliniella occidentalis)原產於美洲,危害的寄主植物種類多達62科 224種以上,幼蟲及成蟲取食植物,造成花部及果實損害;雌蟲產卵於植物組織內,常造成植物無法正常生長,作物之品質及產量均受影響。80年代以後,隨著經貿往來頻繁,該蟲隨著作物擴散到世界許多國家,加上其適應性強,且為蕃茄斑點萎凋病毒(Tomato spotted wiltvirus)等病毒的主要傳播媒介,目前在許多國家都已存在並且常造成作物嚴重的危害,是台灣明令的檢疫害蟲,在機場港口進口的植物產品常常可檢測出該蟲。因為其體型小(2 mm),幼蟲期的形態無法鑑定,分子快速鑑定就相當重要。目前防檢局與台灣大學昆蟲系合作,利用LAMP技術成功檢測西方花薊馬,其反應的靈敏性可達100毫微微克,並且經過另外50種非西方花薊馬的薊馬做對照組,結果顯示本研究的檢測專一性高,可準確鑑定西方花薊馬。

  (二) 動物方面

  虹彩病毒屬於魚類主要病毒性疾病之ㄧ,感染後會造成魚類全身性的感染,魚體色變黑,缺乏食慾,鰓部有貧血會呈現點狀出血的現象,解剖後可發現脾臟明顯的腫大,目前已知道可感染多種的海水魚類,包含嘉鱲、石斑、海鱺、鱸魚、虎河豚等,對於體型較大的魚具有較高的死亡率。目前防檢局與海洋大學及台灣大學合作,已開發出LAMP檢測技術,應用於石斑魚虹彩病毒之檢測,其反應的靈敏性可達10毫微微克,約為PCR反應之100至1,000倍。反應結束後,會產生白色的焦磷酸鎂沉澱,可直接以肉眼檢視反應之結果。而利用核酸染劑溴化乙烯進行染色,有反應產物的會呈粉紅色,無反應產物則是保持原本的橘色;加入溴化乙烯在紫外光下觀察,有反應物的會發出明顯之橘色螢光,無反應物的則只有背景亮光。一般實驗室常見的乾式加熱器、循環式恆溫水浴槽、雜交培養箱都可當作LAMP的反應儀器,不需要特定的儀器或設備,方便作為田間或是大量檢體之篩檢。

五、結語

  LAMP具有快速、精準及專一等鑑定的功能,除了用簡便的水浴槽或加熱器等恆溫器外,也可用電泳跑膠來觀察其靈敏度,甚至可以搭配Real-time PCR的儀器來進行定量的分析,儀器的選擇性相當寬廣。至於能否準確檢測出目標物種,這是每一種分子鑑定方法都會遇見的問題,首先,實驗條件的設定是必須不斷的測試才能確定該項檢驗技術的穩定性,而這些技術的根本則有賴於害蟲及病原菌基因資料庫的建立與累積,在建立基因資料庫之前,生理小種(race)、分化型(forma specialis)、病原變種(pathovar)、物種(species)必須先加以鑑定釐清,免得站在錯誤的基礎上去建立分子鑑定方法。再者,基因資料庫來源的證據標本(voucher specimens)或菌株都必須妥善保存,避免日後發現先前鑑定有問題時無法再驗證。如果上述的原則能夠確實掌握住,雖然LAMP這項技術開發至今不過7年,往後應該可以應用在更多的動植物疫病蟲害的分子檢測上。
圖1  西方花薊馬(Frankliniella occidentalis)是台灣檢疫法規中的檢疫害蟲
圖2   LAMP靈敏性試驗:A. LAMP反應結果  B. 一次PCR反應結果  C. 二次PCR反應結果。Lane 1-8:DNA濃度分別為:1 ng、100 pg、10 pg、1 pg、100 fg、10 fg、1 fg、100 ag。Lane M:100 bp Ladder。Lane N:Negative control
圖3  肉眼檢視LAMP反應結果:A. 可見光下直接觀察  B. 加入EtBr染劑在可見光下觀察  C. 加入EtBr染劑在紫外光下觀察

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