921大地震造成百年來台灣最嚴重之天災，農委會彭主任委員即於9月21日指示成立緊急災害應變小組，以因應此一突發性災變，減低農業損失，並在南投、台中、彰化、雲林、嘉義及苗栗縣整合所屬農業單位，成立「救災單一窗口」，彭主任委員並親赴災區瞭解災情，全力督導勘災，以盡速掌握農業災情，統籌支援及協助災區復建工作。

　　彭主任委員於9月25、26日更率台大張石角教授、陳宏宇教授、興大游繁結教授、段錦浩教授等學者專家趕赴南投縣國姓鄉九份二山、九九峰等山區及台中縣東勢鎮、新社鄉、霧峰鄉勘災，並慰問山區搶災之國軍官兵。

　　彭主任委員指示研訂「土石流及坡地災變防範執行計劃」，其處理原則為：1.影響人民生命財產安全者，優先辦理；2.影響人員、物資、災民輸送者加速搶修；3.新崩地作整體規劃治理，避免發生二次災害；4.劃定高危險度

潛在危險區為特定水土保持區，禁止新建行為；5.緊急搶修受損農田水利設施，以維通水，無法立即搶修者列入重建工程。

　　災變以來，農委會並已陸續採取各項因應措施，協調相關單位搶護糧倉、提撥新期公糧賑災、協調蔬果及畜禽產品業者穩定供貨，安頓民生；由農業發展基金提撥基金，辦理現金救助及專案紓困低利貸款；並儘速搶修坍塌農路、水利設施，以及檢視具潛在危險性之山坡地，以確保農業生產及生活環境之安全，同時呼籲山區居民防範土石流災害。