「蠶種製造條例」廢止案經立法院第四屆第二會期第十次院會審議通過，並經 總統於88年12月15日公布廢止。依據該條例訂定之「蠶種製造條例施行細則」與「蠶種冷藏取締辦法」，本會依法制作業規定亦予廢止。

88年冬季大宗蔬菜盛產，尤其甘藍產量大增，價格低迷，為穩定供需，確保農民收益，本會自 12月13日起至25日採取田間耕鋤作有機肥，預定耕鋤目標100公頃，並自12月13日起至89年2月10日止輔導獎助外銷，拓銷地區包括香港、日本、新加坡、加拿大等國家，預訂獎助外銷目標8,000公噸；至12月底止共耕鋤45.79公頃，獎助外銷130公噸，經實施調節一週後，已明顯回升至合理價位。

本會配合88年全國運動會，於12月24日起至30日止，在省立桃園農工職校舉辦「88年全國農業建設成果展覽會」，展覽活動主要以室內展示、戶外展示與活動兩大方式辦理。室內展示項目包括「農業科技成果館」、「桃園農業成果館」及「生態展示館」等項目；戶外展示與活動包括「作物栽培區」、「可愛動物區」、「自動化農機區」、「庭園造景區」、「體驗田園活動區」、﹁動手做ＤＩＹ活動區﹂、「水產展示區」、「寵物登記及美容服務區」等，均極富益智及教育意義。

為有效改善糧食平準基金之營運，本會於88年7月8日研擬「糧食平準基金之運作及財務結構改進方案（草案）」報院。行政院於12月13日函復，同意基金自90年度起裁撤，並由本會擬具基金裁撤計畫，研議嗣後承辦稻穀收購及銷售等相關預算編列事宜報院，以利規劃清理時程及財產移撥、債權債務移轉暨相關作業之進行。

本會依據「國產優良品牌水果蔬菜品質認證作業須知」相關規定，積極辦理品牌蔬果品質認證作業，於12月15、16日赴產地進行現場評核及品質認證作業，並於12月29日在本會大禮堂舉辦「第一屆國產優良品牌水果品質認證授證典禮」，由本會主任委員親臨頒發品質認證證書。

為加速國內花卉產業發展，積極開拓外銷市場，本會規劃設置「高級花卉專業示範區」執行方案，於12月3日奉行政院核准辦理，本會已成立「高級花卉專業示範區」推動小組，由李副主任委員擔任召集人，積極推動各項後續執行工作。

921大地震全國穀倉倒塌共有322個，本會及前台灣省政府農林廳輔導設置之部分穀物乾燥中心之低溫暫存筒倒塌47筒（容量19,705公噸），受損13筒（容量6,480公噸）、乾燥機51台（容量366公噸）容及相關週邊設備損毀，估計總損失金額達2億8,045萬元。本會奉准動支1億4,282八二萬元辦理「穀物乾燥中心震災重建及修護補強計畫」，協助各受損農民團體辦理穀物乾燥中心之乾燥機械和低溫暫存筒重建工作。

本會於12月27日在本會國際會議廳舉辦第二期「農業經營管理顧問專家」訓練結訓學員授證儀式暨成果發表會，結訓學員共25人，由林主任委員親臨主持及頒發學員證書，並由結業學員以分組方式分別發表成果報告。

本會於12月23日至24日在林業試驗所召開黑面琵鷺研討會，邀請國際及東亞地區黑面琵鷺保育之專家人士計30人參加，會中討論台灣最近5年與各國的保育成果、目前面臨之問題及未來各國在黑面琵鷺保育努力方向。

為因應加入世界貿易組織衝擊及建構完整防疫體系，本會於12月18日在農業藥物毒物試驗所舉辦「植物疫情與策略研討會」，計有國內植物防疫相關單位學者專家120餘人參加，會中針對我國植物防疫現況及重大病蟲害如東方果實蠅、木瓜輪點病等之發生與防治對策發表專題報告。

第七屆中紐經貿諮商會議於12月16日於台北舉行，在植物檢疫方面雙方同意簽署﹁中紐ＳＰＳ植物檢疫雙邊合作協議﹂，對於未來兩國在植物檢疫事宜建立相互合作之管道。

本會為落實推動88年5月5日簽訂之「中越農漁業合作協定」，增進雙方之實質合作關係，在本年度內分三梯次邀請越南中央與地方高層農業官員100人來華考察。第一梯次29名已於12月19日抵華，參加為期12天之「農業發展策略研討班」。本研討班除介紹台灣農業發展經驗及策略外，並安排越方官員參訪我農業建設。