有鑑於國內養豬產業豬隻約85％以上在全國23處肉品市場交易，15％直接進入屠宰場進行屠宰，為強化與進口豬肉產品市場區隔，並讓愛護國產生鮮豬肉的消費者，在肉攤購買豬肉時，瞭解豬肉來源，掌握供應豬隻來源之牧場，自2011年起輔導肉品市場向出豬農民收取「單一牧場出豬證明單」制度，肉品市場在抽籤決定豬隻拍賣順序後，於豬隻身上標示拍賣編號，2016年進一步再將豬隻拍賣順序與單一牧場證明單結合，資訊上傳至追溯系統雲端資料庫，作為追溯豬隻牧場來源之依據。

　　於2016年辦理「傳統市場生鮮豬肉追溯制度試辦計畫」，5月完成統一全臺23處肉品市場拍賣豬隻識別標示（刺青）；6月建置開辦「國產生鮮豬肉追溯資訊網」；7月積極進行各地肉商業者之教育訓練與標示牌分送，確認操作系統順暢後，於7月29日假臺北市士東市場辦理「國產生鮮豬肉追溯系統啟動記者會」；8月31日舉行「國產生鮮豬肉追溯系統跨部會聯合檢查記者會」；9月1日正式上路，消費者使用手持裝置掃描懸掛在肉攤之國產生鮮豬肉追溯標示牌上QR Code或使用家用電腦在瀏覽器（網址：http://farm.naif.org.tw/），進入查詢介面後，再輸入肉攤業者寫在標示牌上8位溯源碼，即可顯示該豬隻拍賣日期、拍賣市場及來源牧場。另自2016年9月6日起邀集各地衛生局、縣（市）政府市場管理處與養豬產業團體，至各肉攤進行「國產生鮮豬肉追溯系統標示牌」聯合檢查，以建立全民自我捍衛與監督食安的決心，迄今計稽查30市場，387肉攤。2016年覆蓋率已達40%，後續將增加標示牌覆蓋率及檢查頻度，消費者也可協助政府監督食安，建構完整的食安五環。