我國2015年爆發H5N2、H5N3及H5N8亞型禽流感疫情，評估傳染途徑是藉由候（野）鳥攜帶病毒傳入臺灣，經啟動2階段禁宰及動物移動管制、疫情熱區檢疫站設立、家禽健康證明書推動、加速案例場撲殺清場及周邊禽場監測等措施，疫情漸獲控制，2015年確診撲殺禽流感禽場1,004場，約550萬隻家禽；2016年已降至37場，約28萬隻，較去年大幅趨緩。

　　因產銷環節中仍潛伏零星禽流感病毒，本會持續落實下列措施：

• 候鳥來臺度冬期間，提升棲地排遺採檢數與棲地周邊禽場訪視，注意遷徙路徑上游國家及國外疫情資訊，即時發布預警並刊登於本會動植物防疫檢疫局（防檢局）網站。且加強邊境檢疫，防杜疫病經走私途徑入侵。
• 由地方政府督導轄區養禽業者，依各地方政府自行公告之「H5、H7亞型家禽流行性感冒防治措施」規定，落實軟、硬體生物安全作為，並由本會防檢局所屬4分局會同各地動物防疫機關加強禽場防鳥設施查核，倘未符「畜牧場主要設施設置標準」規定，移請地方政府裁處並加強輔導。另持續推動家禽健康證明書、動物運輸車輛及裝載箱籠清洗消毒等措施，降低疫病傳播風險。
• 藉由業者主動通報、各地方動物防疫機關臨床檢查、屠宰衛生檢查及化製場監測，可即早發現可疑案例；因此加強養禽業者與獸醫師教育宣導，提升利害關係人防疫認知，同時強化各地區飼料、化製、動物運輸、養禽等產業間橫向聯繫，以掌握疫情資訊。
• 積極辦理產銷調節，藉結構性調整，輔導產業轉為高生物安全之新式生產系統，迄2016年補助輔導禽場新（改）建非開放式示範禽舍148場，辦理禽場現場輔導188場次，引導禽場改善更新禽場軟硬體設施設備，應用溫溼度環控、自動化飼料線、飲水線、保溫線等新式生產軟硬體設施，強化飼養管理及對疫病之防範，穩定產業經營與發展。

　　禽流感防疫有賴產業與政府共同合作，配合各項防疫措施並自主落實各項生物安全軟硬體設施，另強化業者主動通報意識，早期發現可能疫情即時處置，以控制及防範疫病傳播，共同維護產業發展永續經營。