為建立養殖漁業管理體系，促進產業秩序化發展，同時引導養殖業者對水、土資源合法與合理之利用，且在天然災害發生時得憑以救助與低利融資措施，以有效抑制非法養殖發展空間，前台灣省政府依據漁業法第六十九條授權，針對直轄市以外之台灣地區於83年訂定及發布施行「台灣省陸上魚塭養殖漁業登記管理規則」。該規則一直施行至89年因精省作業，漁業署為銜接精省作業後相關法規命令之適用性並能依法推動養殖漁業管理工作，遂依照行政院指示及依據「台灣省政府功能業務與組織調整暫行條列」規定，承接省府法規之「台灣省陸上魚塭養殖漁業登記管理規則」，由漁業署配合修正規則內容，訂定「陸上魚塭養殖漁業登記及管理規則」；另外高雄市政府亦於82年針對高雄市養殖漁業，訂定及公告施行「高雄市陸上魚塭養殖漁業登記管理規則」，該市於89年修訂規則名稱及部分內容以「高雄市養殖漁業登記管理自治條列」來規範轄內養殖事務。

　　漁業署訂定「陸上魚塭養殖漁業登記及管理規則」時，考量政府各單位間已能分工並依據相關法規規範各生產事業，漁政機關則加強產銷規範及目的事業輔導。因此，漁業署曾研擬將有關水資源之使用申請，由水利主管機關依相關規定管制即可，於該規則中排除水權申請之規範，如此亦可鼓勵養殖漁民申辦養殖漁業登記證。然而水利及土地主管機關對此意見持反對立場，認為政府各單位間更應彼此加強管制養殖漁業用水行為，以避免衍生國土保安問題，因此，漁業署參照土地及水利主管機關意見，訂定該規則報陳行政院時維持申請養殖漁業登記證仍需辦妥水資源申請之必要條件。

　　「陸上魚塭養殖漁業登記及管理規則」已於89年12月30日以行政院農業委員會（89）農漁字第891340958號令發布，條文共計20條，重點包括有：明定本規則之適用區域為直轄市以外地區；經營陸上養殖漁業時應符合土地及水源之相關規定；申請養殖漁業登記證之程序及應檢具之相關書件；養殖漁業登記證之有效期限最長為5年；養殖漁業人之變更登記、終止經營、養殖漁業登記證遺失、損毀、登記事項變更時之處理方式；強制規定經基因轉殖所產生之水產動植物，應經中央主管機關同意始得養殖；針對繁殖或養殖之水產動植物發生傳染疫病或重大病變時，政府與養殖業者處理方式；配合地區發展及管理需要，政府機關將另行訂定養殖漁業生產區規劃設置作業原則；依據漁業法第四十九條規定，政府機關需定期檢查養殖漁業人經營情形，養殖漁業人不得規避、妨礙或拒絕。不依本規則辦理相關事項時，經政府機關通知限期改善，屆期仍不改善時，依照漁業法規定予以處罰。臨時養殖漁業登記證之核發原則及其有效期限。

　　本規則屬登記許可制，旨在導引養殖產業朝向秩序化與生產專區發展，對於直轄市以外現有魚塭，政府機關基於保障漁民生活的原則，合理利用有限的水土資源，在適地適用的前提下，輔導既有養殖魚塭集中地區朝向養殖專區發展，設置養殖漁業生產區集中生產，並藉由共同經營方式降低生產成本，穩定提供大宗養殖魚貨，採取季節性調節供應國內生鮮水產品的競爭手段，來保障養殖漁民利潤；對於無法籌組設立養殖漁業生產區之零星違規或違法魚塭，除透過市場機制（如水產品衛生品質、生產價格、運銷通路等）採取自然淘汰方式使得魚塭土地逐漸轉出作其他使用，政府機關並將積極處理（如取締、斷電等方式）不符規定之違規魚塭；此外針對零星魚塭且依據本規則取得養殖漁業登記證之養殖漁業經營人，由漁民團體協助養殖業者設立或加入地區性生產（運銷）班或生產（運銷）合作社，透過地區產銷班或合作社運作方式保障漁民生計。

　　本規則已明確指出魚塭養殖業者申辦養殖漁業登記證時，需符合規定且取得土地及水源使用證明或許可文件後，才可以申辦養殖漁業登記證，因此，土地及水源的合法使用視為養殖登記之必要條件。土地方面之合法使用包括有：非都市土地編定為養殖用地者。非都市土地除工業區及特定農業區以外各使用區內編定為乙種建築用地、丙種建築用地、窯業用地或農牧用地，依非都市土地管制規則相關規定申准得作養殖使用者。依非都市土地使用管制規則相關規定申准得為從來使用者。都市土地符合都市土地使用分區管制相關規定申准得作養殖使用者；水源方面的合法使用則包括取得水權狀、水利主管機關核發之水利建造物核准文件或其他合法用水證明文件。特定農業區內農牧用地從事室內循環水養殖者，則由當地政府機關專案核准。

　　目前多數養殖魚塭位於西南沿海地區，臨近區域排水末端，受到民生、工業等排放水嚴重污染，地表水已無法作養殖使用，同時養殖魚塭多位居地下水管制地區，地下水權取得不易，同時鑑於多數魚塭係在各種法規公佈實施前業已存在之事實，因此本規則對於土地合法使用魚塭，在不影響當地公眾安全前提下，得申辦臨時養殖漁業登記證，有效期限最長為二年，期滿則依本規則申辦養殖漁業登記證，不再核發臨時養殖漁業登記證；另針對屬於政府核定養殖漁業生產區（註1）內之養殖魚塭，在未能取得合法用水證明前，得核發五年期臨時養殖漁業登記證，政府並持續推動生產區公共建設，興建公共抽水站與生產區專用進排水系統等，以滿足生產區用水需求後，透過生產區組織管理體系與使用者付費原則，自給自足方式有效管理公共用水設施並取得合法用水證明，期使生產區內漁民均能取得養殖業登記證。

　　目前養殖漁業登記證仍屬登記許可制，政府機關係採輔導方式協助養殖業者申辦取得，並不強制執行；然而在修正中「漁業法」（註2）則採強制申報，未申辦取得養殖漁業登記證而經營魚塭均依照漁業法被處以罰鍰，因此在修正漁業法經立法院通過前，養殖業者需配合政府各項措施積極申辦養殖漁業登記證，以保障自我權益。

註1：依照台灣省政府85年5月28日85府農漁字第40402函「台灣省養殖漁業生產區規劃作業要點」核定有宜蘭、彰化、雲林、嘉義、台南、高雄、屏東、花蓮等8縣2個養殖漁業生產區，面積合計12,713公頃。

註2：行政院已於88年7月7日台88農字第26583號函提送「漁業法」修正草案請立法院審議。