法規是執行政策之重要工具，行政機關為達成政策目標及行政目的，必須制定合宜之法規，並隨時檢討修正現行法規，以符合政策之方向。本會秉持上述原則，每年均提出立法計畫，以配合農業政策之推動。另為保障人民行政救濟之權益，本會受理農業有關之訴願案件，均秉持公正客觀之立場，為人民循求最有利之決定，並適時指摘下級機關之行政疏失，提供改正參考，以提昇依法行政之精神。

　　為因應經濟、社會發展，達成農業施政目標及施政目的，本會配合推動對於法規之研修，訂有年度立法計畫及法規整理計畫，以為整理法規之準據。迄 91年12月 31日止，本會主管法規計213種，其中法律 27種；法規命令 186種。

(一)因應施政需要完成制（訂）定法規有「基層農會會員資格審查及認定辦法」、「農業產銷組織輔導辦法」、「山坡地保育利用管理獎勵辦法」、「糧食標示辦法」、「漁會出資或投資審核辦法」、「植物或植物產品運出金門馬祖地區檢查辦法」、「農業事業廢棄物再利用管理辦法」、「森林火災救助種類及標準」、「檢舉走私進口動植物及其產品獎勵辦法」、「基因轉殖種畜禽田間試驗及生物安全性評估管理辦法」等10案。

(二)為落實經發會共識及配合行政程序法檢討修正法規計有「行政院農業委員會林務局暫行組織規程」、「行政院農業委員會林務局各林區管理處暫行組織規程」、「行政院農業委員會林務局農林航空測量所暫行組織規程」、「行政院農業委員會農業試驗所暫行組織規程」、「休閒農業輔導管理辦法」、「農會法施行細則」、「行政院農業委員會水土保持局暫行組織規程」、「農業發展條例」、「植物種苗法」、「植物防疫檢疫法」、「飼料管理法」、「動物傳染病防治條例」、「獸醫師法」、「畜牧法」、「動物保護法」、「行政院農業委員會水土保持局各工程所暫行組織規程」、「公糧稻榖驗收標準」、「行政院農業委員會各區糧食管理處暫行組織規程」、「行政院農業委員會漁業署臺灣區漁業廣播電臺暫行組織規程」、「行政院農業委員會農業藥物毒物試驗所暫行組織規程」、「植物防疫及檢疫執行辦法」、「行政院農業委員會林業試驗所暫行組織規程」、「行政院農業委員會畜產試驗所暫行組織規程」、「行政院農業委員會家畜衛生試驗所暫行組織規程」、「行政院農業委員會特有生物研究保育中心暫行組織規程」、「行政院農業委員會各區農業改良場暫行組織規程」、「行政院農業委員會茶業改良場暫行組織規程」、「行政院農業委員會種苗改良繁殖場暫行組織規程」、「行政院農業委員會水產試驗所暫行組織規程」、「糧商管理規則」、「野生動物保育法」、「動物傳染病防治條例（再修正）」、「農業廢棄物共同清除處理機構管理辦法」、「老年農民福利津貼暫行條例」、「農藥管理法」、「植物防疫檢疫法（再修正）」、「糧食管理法」、「糧食管理法施行細則」、「肥料管理法」、「山坡地保育利用條例」、「漁業法」、「動物用藥品管理法」、「動物用藥品檢驗標準」、「農產品市場交易法」、「農業用地變更回饋金撥繳及分配利用辦法」、「基層農會會員資格審查及認定辦法」、「漁船建造許可及漁業證照核發準則」、「漁會法施行細則」、「漁會法定公積公益金及各級漁會聯合訓練互助經費保管運用辦法」、「動物傳染病防治條例施行細則」、「獸醫師法施行細則」、「農民團體共同運銷輔導獎勵監督辦法」、「農產品分級包裝標準與實施辦法」、「農產品販運商輔導管理辦法」、「農產品批發市場管理辦法」、「梨接穗輸入檢疫作業辦法」、「行政院農業委員會農業試驗所暫行組織規程」、「行政院農業委員會專業獎章頒給辦法」、「飼料販賣業登記辦法」、「自製自用飼料戶使用飼料添加物管理辦法」、「行政院農業委員會林務局農林航空測量所暫行組織規程」、「行政院農業委員會農業藥物毒物試驗所暫行組織規程（再修正）」、「行政院農業委員會種苗改良繁殖場暫行組織規程（再修正）」、「肥料管理法施行細則」、「肥料登記證申請及核發辦法」、「漁港基本設施使用管理費收費類目及費率標準」、「行政院農業委員會特有生物研究保育中心暫行組織規程（再修正）」、「行政院農業委員會各區農業改良場暫行組織規程（再修正）」、「農藥管理法（再修正）」、「糧食管理法（再修正）」、「漁業法（再修正）」、「動物用藥品管理法（再修正）」、「清除豬瘟暨口蹄疫所需疫苗之種類及其管理辦法」、「寵物登記管理及營利性寵物繁殖買賣或寄養業管理收費標準」等74案。

　　91年共受理訴願案件343案、復審案件1案，合計344案，連同90年未結移列者92案，總計本年度收辦案件共計436案，均依訴願法規定，並經本會訴願審議委員會審議決定，迄 91 年底共辦結332案，其中駁回 277 案、撤回 4 案、撤銷原處分或原決定38案、移轉其他機關管轄13案、正辦理中之案件104案。