農業施政不僅要照顧農民，同時也要服務廣大的消費者，由於時代的進步、環境的快速變遷及教育水準的提高，民眾對政府施政質與量之要求隨之提高。行政管理工作包括人事革新、國會聯繫、研究管考、會計及政風等業務，亦須面對新的環境與新的要求檢討改進，積極規劃與推展為民服務及簡政便民的革新作法，以配合農業施政的推動，達成提昇服務品質的目標。

(一)配合員額精簡政策精簡人力

　　為配合政府改造，進行組織及員額精簡，並執行立法院審議91年度中央政府總預算案所作主要決議，於一年內刪減各類員額3％，暨行政院實施現員管制，本會暨所屬機關逐年精簡預算員額（含職員、駐衛警察、約聘僱人員、駕駛、技工、工友），90年度預算員額為9,812人，91年度為9,692人，91年8月轉正後預算員額為9,501人，計精簡311人，達3.2％，符合立法院審議91年度中央政府總預算案所作主要決議，於一年內刪減各類員額3％之目標。

(二)落實平時考核，貫徹考績制度

　　嚴密實施平時考核，於年度開始即將平時考核表分送各單位主管，適時對屬員平時之工作表現等紀錄於考核表內，並密陳長官核閱；每年年終考績以平時考核資料辦理，自91年起並依規定每季辦理平時考核。91年年終考績本會暨所屬機關計有4,247參加，考列甲等者3,185人，占考績總人數百分之74.99。

(三)加強訓練進修、推動終身學習

1. 除依公務人力發展中心分配名額足額選送本會暨所屬人員參加一般管理訓練外，並依業務需要薦送人員參加行政院主計處、外交部及經濟部專業人員研究中心辦理之資訊、外語等各項專業訓練，本年參加一般管理訓練（含所屬機關）計有1,724人次、各項專業訓練（含所屬機關）計有2,855人次；同時每季延聘專家、學者或政府業務主管到會專題演講或專題報告，適時向員工宣導各項最新政策，並補充各項專業知能。
2. 依據院頒公務人員終身學習護照核發及認證作業要點，核發同仁學習護照，計核發本會暨所屬機關約9,950本；並宣導同仁登錄啟用終身學習入口網站，適時將各項學習資訊轉知同仁及鼓勵同仁踴躍參與。

　　91年立法院召開第五屆第一及第二會期會議，進行相關法案及中央政府總預算審查。本會於該二會期三讀通過之主管法案計有：野生動物保育法、植物防疫檢疫法、動物傳染病防治條例、山坡地保育利用條例、農產品市場交易法、肥料管理法、糧食管理法、漁業法、動物用藥品管理法、農藥管理法、農業發展條例等法案之增修刪定。

　　91年本會積極推動對立法院之國會聯繫工作，相關法案及預算案均能順利通過，此外，立法委員對農業施政之口頭或書面質詢，均能及時答復，並於必要時，安排實地參訪，以促進委員對本會施政之瞭解與支持。

(一)研究發展與行政革新

1. 本會暨所屬各機關90年度自行研究計畫165項，選出3篇優良之自行研究報告參加行政院91年度傑出研究獎評獎，經行政院評審結果：「中層人工浮魚之投放及其周圍水域之海漁況調查」獲得甲等獎，「我國健康種苗制度之改進研究」獲得乙等獎。
2. 91年度本會暨所屬各機關所提之自行研究計畫有191項，委託研究計畫有9項。並選出3篇自行研究報告，參加行政院92年度傑出研究獎評獎如下：(1)山羊胚移置技術之改進。(2)兩岸農業競爭力分析研究。(3)水稻精準農業之土壤肥力與營養管理技術之研究。
3. 本會暨所屬各機關91年派員出國考察、研究、進修、實習及出席各項國際會議，依據「行政院所屬各機關出國報告綜合處理要點」之規定提出出國報告85篇，依規定審核函送國家圖書館及國立中正大學圖書館辦理寄存，並依業務性質分送有關單位參處，亦上傳至研考會網站提供他人參閱。
4. 辦理行政革新為民服務，訂定「為民服務不定期考核工作計畫」，就本會暨所屬各機關之服務標準及自我評鑑、主管參與提升為民服務情形、申辦案件作業時程、民眾抱怨之處理、機關間合作服務、機關網頁建置及其他資訊化服務措施、電話禮貌測試、六減運動、民眾申辦案件電子化單一窗口等工作項目積極推動，以提升服務品質。91年度提報本會特有生物研究保育中心參加行政院服務品質獎評獎，獲頒善用社會資源獎。

(二)圖書管理

1. 本會91年出版品有192種，由於出版品內容豐富，印刷精美，深獲各界喜愛，部分出版品躋身暢銷書排行榜，經由5家特約之政府出版品展售書局展售，91年度銷售繳庫金額為新台幣131萬餘元。本會政府出版品管理業務，榮獲「90年度政府出版服務獎」行政院所屬一級機關組第一名，出版之「臺灣常見蜘蛛圖鑑」、「消失中的精靈－台灣珍貴及稀有動物保育專輯」、「屏東縣的野生動物」、「新竹縣螢火蟲導覽手冊」、「自然保育季刊」等五種書刊亦榮獲「優良出版品獎」；本會在政府出版服務方面頗獲得肯定，行政院研考會於91年11月28日在本會特有生物研究保育中心舉開出版服務成果觀摩會，計有中央政府機關出版品管理人員100餘人與會。
2. 本會設有圖書室，為配合同仁業務需求，以蒐集農業相關資料為主，目前館藏圖書計18,000冊，中外文期刊750種，大陸期刊220種，視聽資料300卷，並規劃自動化系統管理，內容包括編目、期刊、流通、採購及查詢等子系統，陸續建置完成，於91年全面上網，讀者可於本會網站依分類、目錄及書刊名、著者等相關條件查詢參考。

(三)管制考核

1. 本會由院列管計畫

   本會由院列管計畫項目屬年度重要工作，91年度由院列管計畫為「推動一鄉一休閒農漁園區計畫」執行率99.3％。

2. 工程施工品質查核及農建工程施工品質評鑑

   為提昇農建工程品質，91年本會工程品質查核小組辦理優良農建工程評鑑14件、2千萬以上在建公共工程施工品質評鑑6件及1億元以上公共建設列管計畫工程施工品質查核46件。

3. 災害防救

   (1) 89年7月「災害防救法」公布後，本會依法積極辦理相關子法之訂定及執行相關災害預防、通報、應變、重建之業務。

   (2) 91年本會配合雷馬遜、辛樂克、娜克莉颱風中央防災應變中心開設，召集各相關單位成立緊急應變小組，執行各項應變措施。

4. 一億元以上公共建設計畫列管

   本會91年列管1億元以上公共建設計畫共計15項，本會成立公共建設推動會報按月檢討，追蹤執行進度，並協助解決困難問題。全年度執行率達九成。

(四)其他重要管考業務

1. 監察院糾正或調查案件之管考。
2. 維護公共安全方案之管考。
3. 治安會報決議事項之管考。
4. 總統、院長及本會長官指示事項、院會決議、本會主管會報決定之管考。
5. 九二一重建第一類控管案件之管考。
6. 公文時效管制。

(一)政風預防與查處事項

1. 衡酌本會業務實際需求及政風整體分析評估概況，擬訂年度政風工作計畫並確實貫徹執行。
2. 為瞭解各項補助作業辦理概況，於91年11月間實施政風問卷調查，經彙整回收問卷及反映意見，研析調查結果後提供相關單位參考。
3. 91年12月6日召開本會政風督導小組會議，研討評估各項易滋弊端業務並擬訂相關預防措施，另提具兩項興革意見供參，會議決議事項亦均能落實辦理。
4. 強化政風法令宣導，內容涵蓋相關法律常識與專題演講及轉印發各項政風法令刊物，另於91年12月上旬編印「廉潔心相伴、服務情永遠」政風宣導手冊 15,000本，轉發所屬各單位參考，以擴大宣導效果。
5. 積極發掘表揚操守廉潔、表現優良之員工，並於6月間辦理獎勵廉潔楷模選拔活動，經評選結果，本會動植物防疫檢疫局劉科長慶松獲得殊榮接受表揚。
6. 為落實財產申報作業，對於新任職或依法應申報財產之人員，均提供相關諮詢服務，全年總計受理201人申報，並公開抽取13人進行實質審核作業，尚無發現申報不實情事。
7. 對於人民陳情檢舉案件，能依相關法令作業規定進行查證作業，全年總計受理173件，經查證後移送檢調單位偵辦者有88件，其餘均予以行政處理或澄清結案。
8. 為確保公糧安全及防範弊端，經由本會公糧稽查小組機制，於91年8月間展開全面性抽查工作，抽查結果發現4家委託倉庫涉有盜賣嫌疑，均依法移請檢調單位偵辦。

(二)公務機密與安全維護事項

1. 為加強資訊稽核查察工作，防範駭客不法入侵及其他洩密情事，於11月間修訂本會「辦理資訊使用管理稽核作業規定」及「公務機密維護作業要點」，並函請各單位落實執行。
2. 對於各項採購案件底價之訂定、人事甄審考績核定，以及其他重要會議應秘密事項，均事先配合相關單位研採適當保密作為，以防範洩密情事。
3. 為瞭解保密作業執行情形，年度內辦理公務機密維護檢查2次，相關缺失均移請改進；另配合銷燬逾期密件資料2次，以減輕保管文件壓力及防範未解密文件資料外洩。
4. 91年9月20日舉辦安全暨機密維護教育講習及有獎徵答摸彩活動，對於提昇員工保密警覺，頗有助益。
5. 利用春安及十月慶典期間，會同相關單位人員執行安全防護檢查工作，發現缺失即要求儘速改善，以確保本會人員設施安全。
6. 縝密蒐集與本會業務有關之各項農情資料105件，均迅速簽核送請業務主管單位參處；另協助處理民眾陳情請願事件11案，亦能及時掌握狀況，聯繫有關單位妥適疏處。
7. 為防範國際恐怖組織進行危害、破壞情事，本會除嚴格門禁管制、加強可疑郵包檢查外，並啟動「緊急狀況處理小組」之應變機制，俾以迅速有效因應處理各項偶突發事故。