法規是執行政策之重要工具，行政機關為達成政策目標及行政目的，必須制定合宜之法規，並隨時檢討修正現行法規，以符合政策之方向。本會秉持上述原則，每年均提出立法計畫，以配合農業政策之推動。另，人民受行政機關不利益之處分，提起行政爭訟，是民主政治之常軌。為保障人民行政救濟之權益，本會受理農業有關之訴願及再訴願案件，均秉持公平客觀之立場，並適時指導下級機關之行政疏失，提供改正參考，以提昇依法行政之精神。

一、農業法規之制（訂）定與研修

　　為配合經濟、社會發展，因應農業施政需要，本會於法規之研修，訂有年度立法計畫及法規整理計畫，以為整理法規之準據。迄 87年12月31日止，本會主管法規計137種，其中法律27種；法規命令110種。87年完成制（訂）定、修正法規有「行政院農業委員會漁業署組織條例」、「行政院農業委員會動植物防疫檢疫局組織條例」、「行政院農業委員會動植物防疫檢疫局所屬各分局組織通則」、「畜牧法」、「動物保護法」、「農田水利會會長遴派辦法」、「農田水利會會務委員遴派辦法」、「漁船建造許可及漁業執照核發準」、「動物用藥品檢驗標準」、「繁殖用植物實施特定疫病蟲害檢查辦法及收費標準」、「台灣地區漁船船主接駁受僱大陸地區船員許可辦法」、「動物用藥品管理法施行細則」、「農產品批發市場管理辦法」、「行政院農業委員會辦事細則」、「行政院農業委員會野生動物保育諮詢委員會設置辦法」、「行政院農業委員會組織條例」、「山坡地保育利用條例」、「森林法」、「漁港法」、「農產品受進口損害救助辦法」、「農產品市場交易法施行細則」、「森林法施行細則」、「飼料添加物使用準則」、「農業發展基金收支保管及運用辦法」、「農業天然災害救助辦法」、「漁產平準基金收支保管及運用辦法」、「糧食管理法施行細則」、「疫區植物或植物產品土壤及其包裝容器栽培介質遷移核准辦法」、「糧商管理規則」等 29 種；廢止法規有「大陸地區農業專業人士來台從事農業相關活動許可辦法」、「行政院農業委員會漁業幹部船員訓練中心組織規程」、「糧商登記規則」3種。

二、訴願及再訴願案件審議

　　87年共受理訴願案件113案、再訴願案件50案，合計163案，連同86年未結移列者12案，均依訴願法規定，經本會訴願審議委員會審議決定，迄87年底共辦結135案，其中駁回115案、撤回2案、撤銷原處分或原決定10案、移轉其他機關管轄8案、未結40案。