法規是執行政策之重要工具，行政機關為達成政策目標及行政目的，必須制定合宜之法規，並隨時檢討修正現行法規，以符合政策之方向。本會秉持上述原則，每年均提出立法計畫，以配合農業政策之推動。另，人民受行政機關不利益之處分，提起行政爭訟，是民主政治之常軌。為保障人民行政救濟之權益，本會受理農業有關之訴願及再訴願案件，均秉持公平客觀之立場，為人民循求最有利之決定，並適時指摘下級機關之行政疏失，提供改正參考，以提昇依法行政之精神。

一、農業法規之制(訂)定與研修

　　為配合經濟、社會發展，因應農業施政需要，本會於法規之研修，訂有年度立法計畫及法規整理計畫，以為整理法規之準據。迄 88年12月 31日止，本會主管法規計159種，其中法律 27種；法規命令 132種。88年完成制（訂）定、修正法規有「行政院農業委員會動植物防疫檢疫局基隆分局辦事細則」、「行政院農業委員會動植物防疫檢疫局新竹分局辦事細則」、「行政院農業委員會動植物防疫檢疫局台中分局辦事細則」、「行政院農業委員會動植物防疫檢疫局高雄分局辦事細」、「漁船及船員在國外基地作業管理辦法」、「休閒農業輔導辦法」、「老年農民福利津貼申領及核發辦法」、「動物用藥品檢驗標準」、「山坡地保育利用條例施行細則」、「畜牧法施行細則」、「肥料管理法」、「財團法人中央畜產會設置辦法」、「行政院農業委員會動物保護委員會設置辦法」、「行政院農業委員會實驗動物倫理委員會設置辦法」、「動植物檢疫規費收費實施辦法」、「農場登記規則」、「台灣地區學術性農林作物種子與種苗輸出管理辦法」、「沒收之偽農藥器械原料暨沒入之劣農藥物品處理辦法」、「農藥使用管理辦法」、「植物疫病蟲害緊急防治補償費補助辦法」、「疫區植物或植物產品土壤及其包裝容器栽培介質遷移核准辦法」、「糧商管理規則」、「獎勵經營林業辦法」、「森林登記規則」、「農田水利會會長遴派辦法」、「農田水利會會務委員遴派辦法」、「特定水土保持區劃定與廢止準則」、「漁業權登記規則」、「對外漁業合作辦法」、「台灣地區漁船海難救護互助辦法」、「乳業管理規則」、「動物用抗生素麻醉毒劇及生物藥品管理辦法」、「清除豬瘟暨口蹄疫所需疫苗之種類及其管理辦法」、「電動屠宰場設置標準」、「行政院農業委員會各區糧食管理處暫行組織規程」、「行政院農業委員會林務局暫行組織規程」、「行政院農業委員會林務局各林區管理處暫行組織規程」、「行政院農業委員會林務局農林航空測量所暫行組織規程」、「行政院農業委員會水土保持局暫行組織規程」、「行政院農業委員會水土保持局各工程所暫行組織規程」、「行政院農業委員會農業試驗所暫行組織規程」、「行政院農業委員會林業試驗所暫行組織規程」、「行政院農業委員會水產試驗所暫行組織規程」、「行政院農業委員會畜產試驗所暫行組織規程」、「行政院農業委員會機畜衛生試驗所暫行組織規程」、「行政院農業委員會農業藥物毒物試驗所暫行組織規程」、「行政院農業委員會特有生物研究保育中心暫行組織規程」、「行政院農業委員會各區農業改良場暫行組織規程」、「行政院農業委員會茶業改良場暫行組織規程」、「行政院農業委員會種苗改良繁殖場暫行組織規程」、「行政院農業委員會漁業署台灣區漁業廣播電台暫行組織規程」、「寵物登記管理辦法」、「寵物登記管理及營利性寵物繁殖買賣或寄養業管理收費標準」、「農藥工廠設廠標準」、「農產品受進口損害救助辦法」、「娛樂漁業管理辦法」、「動物用藥品管理法施行細則」、「農產品批發市場管理辦法」、「農民團體共同運銷輔導獎勵監督辦法」、「農產品分級包裝標準與實施辦法」、「公糧稻穀驗收標準」、「野生動物保育法施行細則」、「營利性野生動物飼養繁殖管理辦法」、「保育類或具危險性野生動物飼養繁殖管理辦法」、「農田水利會聯合會組織規程」、「農產品市場交易法施行細則」、「農業發展基金收支保管及運用辦法」、「林產物伐採查驗規則」、「國有林林產物處分規則」、「保安林經營準則」、「漁船船員管理規則」、「漁船建造許可及漁業證照核發準則」、「台灣地區漁船船主接駁受僱大陸地區船員許可辦法」、「屠宰場設置標準」、「農業天然災害救助辦法」、「農藥標準規格準則」、「漁港法施行細則」等七十七種；廢止法規有「台灣地區蠶絲業管理辦法」、「台灣地區進出口糧食及攜帶航程糧食管理辦法」、「糧食倉儲及運輸損耗率計算規則」、「牧場登記規則」、「大養豬場管理辦法」、「台灣地區食用菇類菌種場設置及輔導辦法」、「保護牲畜辦法」、「蠶種製造條例」等八種。

二、訴願及再訴願案件審議

　　88年共受理訴願案件169案、再訴願案件112案，合計281案，連同87年未結移列者40案，均依訴願法規定，經本會訴願審議委員會審議決定，迄 88 年底共辦結223案，其中駁回 194 案、撤回 0 案、撤銷原處分或原決定13案、移轉其他機關管轄16案、未結98案。