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企劃管理的範疇，包括整體性之農業施政方針、計畫之研訂及農業發展相關計畫之規劃與管考等，本章重點工作包括：一、89年度農業發展計畫之管理與考核，二、農業發展條例子法規之修訂，三、加強農地利用以落實推動農地釋出方案與農地利用綜合規劃，四、推動區域性農業發展計畫，五、推動農業經營管理顧問專家輔導體制，六、促進兩岸農業交流。
一、農業發展計畫管理與考核
(一)89年度農業發展計畫經費114億5,948萬餘元，包含農產品受進口損害救助、全民造林運動實施計畫、加強農田水利建設、農田水利會會費補助、輔導養豬產業永續經營、建立優良國產禽品認證制度、推動農業策略聯盟、輔導產銷團體經營管理企業化、營造重要農業區優質產銷環境、建構完整農業資訊體系及強化應用能力、發展農產品加工事業、特殊生態永續利用、推動海洋牧場及生態休閒走廊、強化離島防檢疫措施等14個項目。在產業發展方面以提升產品競爭力為主軸，有效提升經營效率，改善產業體質，建構效率、安定的現代化產業發展環境，並兼顧環境的和諧與資源的永續利用；在農村建設方面，注重整體性規劃，並兼顧人與自然的融合及生態環境的維護；在農民福祉方面，除增加其收益外，同時透過福利安全制度，保障其生活安定，提高其社會地位。農產品受進口損害救助基金編列23億元，係為因應國產農產品因開放進口而遭受損害或有損害之虞採取救助措施之經費。
(二)計畫管理與考核
本會編製「行政院農業委員會農業發展計畫89年度計畫研提及管理手冊」及「行政院農業委員會主管計畫經費處理手冊」，明確作業程序，並對於計畫內容、實施方法、計畫經費等嚴格審核，務使掌握政策方向，切合施政重點；委託辦理之計畫均須依「政府採購法」規定辦理，以明計畫權責，加強計畫管理。
在計畫研提期間，利用預算控制作業，統籌控制預算經費之編列；在執行成果整理方面，完成88年下半年及89年度農業建設計畫執行成果摘要報告，做為未來審核計畫之參考。
在計畫督導考核方面，按季編列報表，查核計畫進度及落後原因，分送有關單位督導改進，成立「農業發展計畫績效評估委員會」每半年定期召開督導會議。並依據本會農業發展計畫績效評估查證作業要點辦理計畫查證工作，分為一般查證與專案查證兩類。一般查證係以細部計畫為選項基礎，目的在查核計畫進度及內容執行情形。88年下半年及89年度計辦理18項；專案查證旨在檢核計畫是否切合農業發展需要、是否達成計畫目標、計畫成果是否經妥善維護等。88年下半年及89年度計辦理「全民造林運動計畫」、「健全家禽產銷體系計畫」2案。
二、農業發展條例子法規修訂及執行
農業發展條例於89年1月26日由總統令修正公告實施，農地政策由「農地農有農用」調整為「放寬農地農有，落實農地農用」，為落實執行母法之相關規定，需增修訂之相關子法規共22種。迄89年底止，已發布實施者，計18種，其中15種由本會發布或公告，3種由行政院核定發布，而另4種均已有草案，預計可於90年發布實施。
而農業發展條例之相關子法規訂定後，隨即於89年8、9月間分區、分梯次舉辦11場次之說明會或講習會，以加強與相關機關及基層執行單位之橫向及縱向溝通，尤其人民申辦農地移轉、分割及農業用地作農業使用證明等之實務執行上如有窒礙難行之處，本會均隨時會商有關單位檢討處理。另因應實施兩年後提出檢討修正案，今後將是本條例各個子法規實際執行之情形，進行下一階段的修法先期作業。
三、加強農地利用
(一)落實推動農地釋出方案
農地釋出方案之推動，自84年8月3日奉行政院核定後，即由各機關依據分工原則就其主辦事項積極推動。以本方案規範作業事項，主要涉及法令配合修正作業事宜，陸續於87年完成既定目標，於民國89年元月修正之農業發展條例並確立本方案總量管制及農地變更管理之法源依據。按都市計畫農業區土地與非都市土地農地，均可依據規定隨時申請變更，並依據開發許可審查方式辦理。
整體而言，農地釋出於制度面之建立及相關法令配合增修(訂)定方面，已達到預訂目標，農地釋出方案業已達到其政策目標。在農業使用分區調整方面，由內政部會同本會等研訂特定農業區調整作業須知等規範，分二階段全面執行特定農業區調整作業，第一階段於88年5月1日完成，計有40,906公頃特定農業區農業用地，調整為一般農業區。第二階段於88年11月完成作業，由特定農業區農業用地調整為一般農業區的淨額計有18,181公頃，農業區之劃設已更為合理，農業用地之管理也將更具適宜性。
在農業用地變更方面，截至89年12月底止，依各目的事業主管機關變更統計資料，非都市土地農地變更為工業區、工商綜合區、勞工住宅、高速道路、高速鐵路、高爾夫球場等非農業用地，累計面積9千多公頃，都市土地農業區變更為各種使用者，計4千多公頃；另以非都市土地新訂或擴大都市計畫面積2萬3千多公頃，總計3萬7千多公頃，尚在農地釋出範圍第一監控量(至一百年釋出4萬8千公頃)之內。
(二)推動農地利用綜合規劃
本計畫係將農業用地以約2百公頃為單元，依其資源條件規劃農業生產區段，以「地」為基礎，結合有志一同的農友，輔導成立產銷班，以組織力量擴大農場經營規模，建立適地適作的耕作模式，促使農地資源做最有效的規劃及利用，進而保育農地資源。
執行初期，以區段規劃、組織運作、公共設施改善為重點，近年來，隨著國外農產品以企業生產與行銷方式逐步進入國內農產品市場，以及國人農產品消費結構改變，逐漸趨向精緻、多樣、健康、便捷，面對新的市場競爭，對共同經營班的輔導乃漸著重於引進企業化經營管理理念，建立健全的管理制度，降低產銷成本等，以強化共同經營班經營能力。
89年度總計執行宜蘭縣等17縣市407區段、受益面積94,650公頃、受益農戶數為64,040戶、輔導產銷班數355班，總執行經費包括本會165,609千元、省、縣（市）及鄉鎮之配合款共376,437千元。主要成果包括：輔導各種土地利用型產業，包括蔬菜、花卉、果樹等產銷班藉由「組織」運作，逐步進入共同作業、設備共同利用、共同分級選別、共同品牌銷售等經營模式。另配合農業經營管理顧問專家培訓計畫，辦理89班產銷班經營管理診斷輔導工作。
四、推動區域性農業發展
(一)推動澎湖地區農業綜合發展
為促進澎湖地區之農業發展，本會於民國72年針對澎湖離島之特殊環境以及四面環海之產業發展優勢，同時配合該地觀光發展潛力，研擬「澎湖農業綜合發展規劃」，並落實於年度實施計畫，以改善當地基本環境，促進當地農漁業發展。89年度本會編列經費補助澎湖縣政府3,992萬元，推動澎湖地區水資源開發、防風林營造、農作、漁業、畜牧生產、農村社區環境改善、水土保持以及自然保育等項計畫。顯著改善當地農業生產環境及條件，建立產品品牌信譽，線美化社區居住環境品質，並維護當地自然生態景觀。
(二)金馬地區農業發展
金馬列島孤懸福建沿海，自然環境不適農業生產，本會為促進金馬地區農村經濟與農業發展，並配合地區日常生活及國防戰備需要，提高農產品自給率，89年度支助金門縣8,000萬元，連江縣7,000萬元，從事相關農業建設工作。
- 作物產銷技術及環境改進
金門地區辦理作物示範栽培及地力改良115公頃，野地鼠害防治5,000公頃，高粱集團轉作示範栽培356公頃，並輔導雜糧農機代耕面積共約5,000公頃。馬祖地區進行南竿鄉農地土壤調查，建立南、北竿疫病蟲害、鼠害及植物疫情監測與通報系統，興建津沙農場田間灌排工程。
- 造林、水土保持及水利建設
金門地區培育造林及美化苗木35萬株，完成造林247公頃，行道樹改良386公里及林區植木整建200公頃。馬祖地區培育各式草花及原生樹種170,000株，供原生林相復育及鄉土特色綠化之用。並完成植物資源調查工作，計有120科305屬568種，其中40種珍貴稀有或遭濫採有滅絕之虞，亟需列入保護植物。
- 漁業生產改進及發展
金門地區擇定母海嶼域投放人工魚礁239座，完成文蛤300萬粒、黑鯛5萬尾放流作業。馬祖地區舉辦2000年馬祖海洋饗宴活動，成立漁業展示館，辦理花蛤苗、九孔苗、黑鯛等放流活動。建造「淺海養魚兼休閒箱網」4組，置牽罟網1組。補貼漁船購置無線電通訊器DSB67台。
- 畜牧產銷體系改善
金門地區輔導在養毛豬25,532頭，共同運銷進場議價屠宰29,899頭及年產肉雞34萬隻，辦理豬瘟、豬仔毒、口蹄疫防疫160,720頭次，實施種豬場內檢定及冷凍精液人工授精。馬祖地區持續執行豬瘟、口蹄疫免費疫苗注射1,050餘頭。協助民間畜牧場禽畜疾病診療，計蛋雞10,500餘隻、肉豬278頭次。
- 農民輔導及農村環境改善
金門地區輔導等基層農業推廣組織活動40班次780餘人次；舉辦各種專業訓練講習25班次3,450餘人次，輔導農漁民住宅改善30戶，馬祖地區辦理雞蛋直銷軍中186公噸，總值828萬餘元。辦理北竿地區蔬菜直銷軍中150公噸，總值達400餘萬元，以及馬祖農會東引辦事處農民活動中心整建工程，介壽村農產道路工程及擋土牆工程等。
五、推動農業經營管理顧問專家輔導體制
為提升我國農民經營管理能力，奠定農業企業化之基礎，本會乃自86年度起開始推動農業經營管理顧問專家輔導體制，即甄選並培訓具農業背景之專家，接受企業經營管理理念與改善手法之訓練。而農業技術與企業管理守法的結合，已發揮加乘的效果，使得農業基層團體或產銷班之運作能更具效率。
截至89年底已有第一、二、三期70位學員完成300小時基礎訓練及9個月診斷輔導實習等訓練，並接續進行責任示範點的輔導工作。另亦進行第四期20位學員的300小時基礎訓練，其將接受第二階段9個月的診斷輔導實習訓練，進而取得經營管理顧問專家資格。
為能強化並搭配原有培訓課程規劃，並提升管理顧問專家之專業知識與能力，本會乃著手進行相關農業經營管理講師手冊教材、宣導手冊之編輯及回訓課程之安排，其目的即希望透過部斷的補強訓練與輔助教材、輔導工具之提供，以提高農業經營管理顧問專家輔導之品質與效能。
長期間，一方面希望農業經營管理顧問專家能透過不斷地訓練，以提升診斷輔導能力；另一方面則希望透過重點產銷班責任輔導體制與農業管理諮詢系統之建立，以提升農業產銷班之常規性諮詢與輔導品質。而農民團體與產銷班成熟的企業化理念與運作方式，已成為本會推動農業策略聯盟關鍵之一，因此農業經營管理顧問專家培訓計畫更應加以擴大與落實。
六、促進兩岸農業交流
(一)辦理大陸地區農業專業人士來台及赴大陸農業投資審查：自民國84年5月政府開放大陸專業人士來台，其中農業專業人士截至89年已累計來台4,209人次，在兩岸交流日益頻繁之下，90年度大陸農業人士來台將持續成長，預計將超過1,000人次。在辦理台商赴大陸地區從事農業間接投資審查、評估及檢討方面，截至89年台商赴大陸從事農業投資累計達4,072件，金額207,000萬美元，較88年增加5,600萬美元，准許赴大陸投資項目共192項，90年度預計將朝較開放方向調整，但對於台灣具有高度技術優勢，或開放後投資產品可能回銷而影響台灣大陸農業發展之項目仍不予開放。本年度已完成台商赴大陸農業投資對台灣農業的影響評估，並初步完成准許赴大陸農業投資與技術合作准許類目之調整。
(二)辦理農業技術交流及種原交流計晝：本會自84年起推動兩岸農業交流計畫以來，透過農村發展基金會等團體或學術單位進行農業生產技術、水土保持、農田水利等科技交流活動，截至89年度止，由本會補助之交流計畫累計達77項。另辦理兩岸農業經貿政策研究，自85年起辦理有關大陸農業產銷資訊之蒐集與分析、農業政策、制度等之經貿政策研究，截至89年度止，共執行36項計畫，經費達6,000萬元。89年度完成九項農業政策、經貿、制度、產銷之研究,主要計畫項目包括：「兩岸三地植物分子生物學及生物技術學術」、「跨世紀海峽兩岸永續農企業經營」及「2000年海峽兩岸生物多樣性與保育」等3類研討會，並完成「兩岸加入世貿組織後農業經營整合新趨勢」、「台商在大陸的漁業投資法規和大陸漁產品行銷通路」及「兩岸林業產銷策略之分析與調適」等研究計畫。
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