1. 應用多引子PCR及核酸探針技術進行牛乳及羊乳中結核菌之檢測，研究結果有助於在現行牛隻甚至羊隻結核病監控政策及方法改進上的參考。進行台灣乳牛血清新包蟲抗體IgG及IgM的檢測，其總陽性率為68.3%，顯示國內的乳牛普遍存在有新包蟲症的疫情，而新包蟲症是世界上乳牛流死產的原因之一。

2. 台灣地區豬呼吸道疾病綜合症相關病原監測與流行病學調查，結果發現以第二型豬環狀病毒的發生率最高，其次為巴氏桿菌，再其次依序為豬黴漿菌肺炎，沙氏桿菌等。

3. 利用反轉錄聚合連鎖反應（RT-PCR）檢測顯示，陶拉症候群病毒於種蝦與子代間應無直接之相關性。經組織病理學及病原學檢查統計，海鱺常見疾病以營養性疾病占92.1%最多，其次是寄生蟲性疾病占48.6%，細菌性疾病占36.8%、病毒性疾病占19.7%，其他占1.3%。

4. 執行輸入鳥類重要傳染病之檢疫檢測，藉此減少重要傳染病輸入之風險，未檢出任何H5或H7亞型家禽流行性感冒病毒、強毒型新城病病毒或西尼羅病毒。並建立以採血濾紙片採集禽鳥類血液樣本供新城病與家禽流行性感冒之血球凝集抑制抗體檢測之標準作業程序。針對狂犬病病毒、犬瘟熱病毒、犬小病毒與犬腺病毒設計特異性探針，可快速區別診斷各病毒，其敏感性較單純的PCR檢測提高100倍以上。

(二)植物防疫檢疫技術研發

1. 研發銀葉粉蝨、斑潛蠅、馬鈴薯晚疫病菌、檬果炭疽病、薑軟腐病、南瓜實蠅、楊桃害、黑角舞蛾等重要植物疫病蟲害監測技術。建立臺灣農作物有害動物資料庫及查詢系統，已完成我國25種果樹有害生物名錄之製作及查詢系統網路化之初步建置。

2. 利用人工載台大量生產溫氏捕植之技術開發與轉移、楊桃花姬捲葉蛾性費洛蒙誘引劑主成份合成技術之開發及黑殭菌微生物殺蟲劑製程轉移及商品化，未來將轉移廠商量產。

3. 研製天然植物保護製劑防治作物真菌性病害，丁香油1,000ppm可有效抑制水稻紋枯病菌的生長與纏據作用，苦茶油、蓖麻油及苦楝油分別與苦茶皂素及無患子油混合施用，對水稻紋枯病亦有明顯的防治效果。大蒜的萃出液抑制十字花科蔬菜炭疽病菌及黑斑病菌分生孢子發芽的效果最佳。

4. 利用反轉錄聚合連鎖反應檢測技術，建立李痘瘡病毒之標準檢測流程。完成柑桔、梨、檬果、葡萄、木瓜及香蕉之隔離檢疫項目評估，並進行初步標準作業流程之草擬。

5. 開發利用高劑量輻射照射、化學藥劑搭配溫湯處理、低溫處理、蒸熱處理蔬果等殺蟲滅菌處理技術，以降低植物有害生物隨輸入貨品傳入之風險，保障我國農業生產安全，並拓展國產農產品外銷市場。

(三)動植物疫病害蟲診斷鑑定技術研發

1. 研發診斷鑑定科技。針對嚴重危害花卉、蔬菜之蕙蘭嵌紋病毒（CyMV）、齒舌蘭輪斑病毒(ORSV)、胡瓜嵌紋病毒（CMV）、矮南瓜黃化病毒（ZYMV）、蕪菁嵌紋病毒（TuMV）等作物重要病毒所研發之快速診斷試劑套組，已完成商品化階段，並著手進行示範推廣。

2. 建立台灣地區之雙生病毒快速診測技術之標準流程，設計台灣花薊馬、西方花薊馬及玉米薊馬之反向專一性引子，可做為Frankliniella屬薊馬種間之快速鑑定。

3. 成功研發可區別口蹄疫7種血清型病毒、水性病毒四種血清型及豬水病等之基因晶片，為國內首件動物疾病診斷用基因晶片。另外，各種不同組織培養豬瘟疫苗及野外豬瘟病毒之基因晶片亦已研發成功，對豬瘟之診斷、疫情之掌控及清除極具貢獻。

4. 執行進口植物及其產品偵測鑑定工作，其中檢出夾帶疫病害蟲者之檢出率為63%。就檢出之有害生物種類而言，以薊馬類害蟲檢出最多，其次為介殼蟲類及類。鑑定出檢疫害蟲有3種，包括西方花薊馬、刺足根、蘋果蠹蛾。另外，台灣尚無分布紀錄之有害生物有30種，檢出一般性疫病害蟲之鑑定超過100種以上，檢出檢疫害蟲部份均已會知輸出國確實改善。