行政院所屬各機關委託研究計畫管理辦法第十三條第一項規定：「中央主管機關得會同相關單位就各機關委託研究計畫管理情形進行實地查核」；同條第二項規定：「各機關對於研究主持人於同一期間接受政府委託二項以上之研究計畫以及連續三次以上委託同一單位或人員辦理之研究計畫，應予列為計畫成效查核重點」。

　　本會科技計畫研提、審查、期中及期末審查制度已漸趨完備，近年來，審計部為加強查核各項科技計畫執行之情形，派員調查行政院所屬各機關委託研究勞務採購辦理情形後，於93年7月函請各部會就共同缺失事項檢討改善，其中包括：「部分計畫主持人於同一期間接受政府委託研究計畫二項以上之情形仍未加改善，經調查發現，仍有部分計畫主持人於同一機關委託研究案即達三件及四件之情形，其簽辦過程亦未見相關檢討機制，研究期間亦未見有相關成效查核紀錄，請督促各機關加強管理，以利履約成效。」。

　　本會科技處除於94年度科技計畫決定補助對象之前已就主持計畫超過二項部分先行處理外，為進一步落實辦理實地查核作業，爰依據行政院所屬各機關委託研究計畫管理辦法第十三條規定擬定，經本會科技處書面徵詢各相關單位（機關）意見後，邀集各相關處室及所屬機關召開會議研商內容，訂定「行政院農業委員會農業科技計畫實地查核作業要點」共計8點，於94年5月5日本會第667次主管會報討論通過，並於94年5月12日以農科字第0940020026號發函各相關單位（機關）即日起實施。請各單位（機關）依要點規定切實辦理選項及查核作業，期能使科技計畫之管理作業更加完善。

　　「行政院農業委員會農業科技計畫實地查核作業要點」內容如下：

一、行政院農業委員會（以下簡稱本會）為辦理農業科技計畫實地查核，提升計畫執行成效，特訂定本要點。

二、本要點所稱農業科技計畫係指本會及所屬各機關運用中央政府總預算本會及所屬機關單位預算所列科學支出預算項下委辦或補（捐）助辦理之計畫。所稱實地查核分為一般及專案兩種。

三、一般實地查核為每年度定期辦理之事項，其作業程序包括選項、準備作業、查核及查核後處理四個階段。

四、本會各業務處主管或所屬機關首長於每年七月底前召開會議選定擬辦理實地查核之計畫，以當年度辦理之細部(或單一)計畫為選項單元，必要時得選定該計畫中之特定工作項目為之。

　　前項會議紀錄應副知本會科技處，所選定項數應占各該處（機關）委辦或補（捐）助辦理之農業科技計畫項數之5-10﹪，且至少應選定一項。

　　第一項選項之優先次序如下：

(一)研究主持人於同一期間接受本會及所屬機關委辦或補（捐）助辦理二項以上農業科技計畫者。

(二)連續三年以上委辦或補（捐）助同一單位或人員辦理之農業科技計畫。

(三)迄六月底止，計畫執行進度落後百分之十以上者。

(四)年度經費超過新臺幣一千萬元之農業科技計畫。

(五)其他。

五、一般實地查核準備作業辦理事項如下：

(一)由本會各業務處主管或所屬機關首長就選定查核之計畫指派適當人員分別擔任領隊及聯絡人，邀請業務、會計、政風及科技管理單位指派代表組成查核小組，必要時得邀請計畫執行機關（構）代表及該領域評審委員參加查核小組。

(二)由查核小組聯絡人函請計畫執行機關（構）依查核之重點提出計畫執行檢討報告及實施地點清冊，並由業務單位就檢討報告提出改進意見及擬討論事項。

(三)由會計單位提供計畫執行機關（構）經費核銷紀錄、改進意見及是否須辦理帳務查核，送查核小組聯絡人彙辦。

(四)查核小組聯絡人彙齊資料後，通知計畫執行機關（構）及查核小組成員，擇期進行實地查核。

(五)受查計畫執行機關（構）應於查核日指派計畫主持人或代表，就檢討報告重點內容及擬討論事項作簡報，並陪同查核人員赴現場解說。

(六)查核小組應依據實地查核研討結果，製作紀錄。

六、查核小組應於期中審查會至期末審查會期間完成實地查核，查核之重點如下：

(一)計畫有無按計畫說明書核定本內容執行及執行情形。

(二)計畫執行困難及落後原因。

(三)計畫執行有關設備採購情形。

(四)計畫執行是否涉及違約情事。

(五)抽查經費支用情形。

(六)前期計畫成果有無妥善管理。

七、查核小組於查核結束後，應由領隊督導聯絡人彙整撰寫查核報告，聯絡人於查核結束後兩週內提出報告送領隊確認，必要時領隊得召開查核小組會議研商之。

　　查核報告經陳報業務處主管或所屬機關首長核閱後，由業務單位記錄存檔，並於查核結束一個月內影印三份分送會計、政風及科技管理單位備查。

　　如有發現缺失，各業務單位應予切實督導改善，必要時得追回未用或不當使用之款項，或依情節輕重停止受理該計畫主持人及涉及缺失事項之研究人員申請及參與本會之所有計畫一至五年。

八、專案實地查核為上級交辦應統籌辦理之查核事項及審計部審核通知事項，涉及不同單位（機關）需辦理專案實地查核作業者，由本會科技處統籌辦理，其作業程序如下：

(一)組成專案實地查核小組，包括各該計畫主管處（機關）及相關單位之代表，並指定領隊及聯絡人，簽報負責督導科技業務之副主任委員核可後實施。

(二)函請計畫執行機關（構）依該專案查核事項提出計畫執行檢討報告及實施地點清冊。

(三)洽請業務處（機關）就檢討報告提出改進意見及擬討論事項。

(四)其他準備作業及查核後之處理比照一般實地查核規定辦理。

(五)如有發現缺失，應簽報負責督導科技業務之副主任委員核可後，由主管業務處（機關）切實督導改善。