配合臺灣省政府功能業務與組織調整，原由臺灣省政府主管之臺灣省農田水利會之組織、編制等業務，農田水利會組織通則第22條已修正由行政院農業委員會辦理。行政院農業委員會爰於94年5月13日以農水字第0940030362號令訂定發布「農田水利會組織規程」，全文計分為總則、組織、水利小組、附則4章，共42條，以為農田水利會之組織、編制等業務之依據。其要點如下：

一、由主管機關依「一個水系之灌溉區域以設立一個農田水利會」及「在同一縣市行政區域內不同水源之灌溉區域以設立一個農田水利會」等原則，視各該事業區域之地理環境、水源分配、灌溉排水設施及經濟利益，核定設立農田水利會。（第2條）

二、農田水利會應依地政機關之地籍資料，建立其事業區域內受益土地之地籍資料，並造列會員名冊。農田水利會事業區域內受益土地，發生權利取得、設定、移轉、變更或消滅致會員會籍異動時，農田水利會應依職權或當事人之申請，取得地籍異動資料變更會籍，並通知當事人。農田水利會擬報主管機關核准將其會員停權時，應敘明事由、停權範圍及期間，並於主管機關核准後通知受停權處分之會員。（第3條至第5條）

三、農田水利會組織通則第十八條所定屬於會務委員會之職權事項，應由農田水利會提會務委員會審議。主管機關交辦之重大事項或經報准之緊急措施事項，農田水利會應向會務委員會提出報告。（第6條）

四、會務委員會以實有會務委員數為應出席人數。會務委員連續二次會議（包括臨時會）未依農田水利會會務委員會議事規則規定請假而不出席會議者，視為辭職，並自第二次會議結束之次日起生效。（第7條）

五、會務委員會對預算等重要議案拒不審議或拖延時，會長應報請主管機關核可後，再送請審議。會務委員會仍拒不審議或拖延時，主管機關得逕予核定交農田水利會執行。農田水利會會務委員會之決議，違反政府政策、法令、影響水利事業或妨害公益時，主管機關得予糾正或撤銷其決議。（第8條及第9條）

六、農田水利會新擴增之事業區域，在會員未受益前，得由該區域預定受益會員以書面向該農田水利會推舉代表列席會務委員會，參與審議有關該區域新建工程及財務負擔等事項，其名額由農田水利會定之。（第10條）

七、農田水利會置總幹事一人，襄助會長處理會務，其任免、遷調，應報主管機關核准。（第11條）

八、農田水利會得設工務、管理、財務、總務四組及人事、主計、輔導、資訊四室，組室並得分股辦事。（第12條）

九、農田水利會得置主任工程師一人、專門委員、組長、室主任、工程師、副工程師、助理工程師、工程員、管理師、副管理師、助理管理師、管理員、秘書、專員、副專員、組員、辦事員、技工等若干人。農田水利會之員額編制，以灌溉排水面積155公頃置一人為原則。農田水利會編制內人員除會長、總幹事、主任工程師、專門委員、組室主管外，其總員額比例為：灌溉管理人員百分之40至44，工程人員百分之26至30，一般人員百分之18至22，技工百分之8至12。（第13條及第14條）

十、農田水利會會長及職員非依法令，不得兼任其他職務。但投資在資本額百分之十以下且不擔任執行業務者，不在此限。（第15條）

十一、農田水利會區域跨二縣市以上，灌溉排水面積超過三萬公頃而管理不便者，得酌設管理處。農田水利會原則上應在灌溉排水面積2000公頃以上4000公頃以下之範圍設一工作站。農田水利會管理處、工作站人員，由該會就編制內人員調派之。（第16條至第20條）

十二、水利小組係會員於田間灌溉配水之基層組織。農田水利會得在灌溉面積51公頃以上150公頃以下之範圍內，以埤圳為單位設一水利小組；其埤圳之灌溉面積較大者，得按支分線分設二個以上水利小組。水利小組之任務為「小給水路、小排水路之維護、管理及修補」、「區域內用水之管理」、「協助工程用地之處理」、「區域內補給水路之設施」、「小給水路或補給水路分水門之管理」等。（第21條至第22條）

十三、水利小組置小組長一人，為義務職，負責執行小組任務及小組會議決議事項，由小組內會員登記競選之，任期四年，連選得連任。水利小組會議，每年至少召開二次為原則，必要時，得舉行臨時會，由小組長召集小組區域內會員舉行之，開會時以小組長為主席。水利小組會議，議案之表決，應有小組會員二分之一以上之出席，以出席小組會員過半數之同意為通過，可否同數時，取決於主席。（第23條至第26條）

十四、水利小組得將區域內會員每10人至12人或按灌溉小區編為一班，由小組長遴選班長一人，任期四年。班長為義務職，應協助小組長執行任務。水利小組得置掌水人員，負責辦理會員用水之分配事宜，由水利小組會議決議後僱用或由小組內實際耕作之會員輪流擔任。掌水費用，由小組會員負擔。（第27條及第28條）

十五、小給水路及小排水路之興建，改善或災害復舊所需材料、工資及必要辦公費用等，由農田水利會編列預算支應。（第29條）

十六、農田水利會每年應分區召開水利小組長聯席會議或水利小組長、班長聯席會議二次，檢討年度工作計畫及小組任務執行情形。（第32條）

十七、會員年滿二十三歲得登記為水利小組小組長候選人。小組長之選舉採無記名單記法，以得票數較多者為當選，得票數相同者，以抽籤決定之。農田水利會員工對於水利小組長之選舉不得有助選行為，違者送農田水利會人事評議委員會議處。小組長出缺時，應以原選舉得票次多者遞補，無次多者，由農田水利會遴聘之，至任期屆滿為止。（第33條至第38條）