1. 建立農產品安全無縫管理體系，全面強化藥物殘留監測；落實屠宰衛生檢查，確保消費者權益。
2. 加速推動安全驗證，發展吉園圃、CAS、有機及產銷履歷（選擇適當產品並與國際接軌）農產品，保障消費者健康。
3. 健全動植物防疫檢疫體系，推動口蹄疫防除措施，防杜重大疫病蟲害入侵；強化農林漁牧四大產業疫病偵測，做好疫情通報與防治措施，提升農業用藥品質及管理，維護良好農業環境。

二、打造卓越農業，領先科技布局全球

1. 規劃成立農業技術研究院，整合十大研究團隊，強化新科技研發與產學資源整合，發展具競爭力之優勢產業；加強農業智慧財產權之保護管理與運用，設置創新育成中心，加強農企業扶育，落實執行「農業生物技術產業化發展方案」，促進農業科技產業化、商品化。
2. 持續建設農業科技園區，形成產業聚落，結合農業科技研究資源，發展農業生物技術、蘭花、石斑魚、觀賞魚及種苗種畜禽等產業，建設「世界級花卉島」、「世界熱帶及亞熱帶水果研發中心」、「亞太種畜種苗中心」。
3. 全面提升農業體系之企業化經營能力；推動小地主大佃農計畫，結合活化休耕地措施，鼓勵老年農民將耕地長期出租予專業農民，擴大農場經營規模及企業化經營；加強企業化經營管理訓練，建立農業專業人員職能地圖，籌設農民學院，培育農業經營人力；推動農業體系及產銷班企業化經營輔導，提高產業競爭力。
4. 發展精緻農糧產業，調整稻米產銷結構，兼顧糧食安全與經濟效益；活絡漁業經濟，開發觀賞魚外銷產業及新穎水產加工品，維持石斑魚養殖技術及產業發展領先國際；推動高效率畜牧生產系統，推行畜禽產業統合經營制度；落實農漁牧場登記，建立產業自主的產銷調節體系，推動農糧作物契作，穩定農漁產品產銷。
5. 全面發展農業技術與服務數位化功能，強化安全農業資訊體系，持續推動行動化雙向加值服務，促進農業行銷推廣，提升農業經營效率；並建構「樂活農村數位電視系統」，行銷臺灣樂活休閒生活及農村再生建設；推動農產運銷現代化及電子化，提升運銷效率。
6. 持續深耕農產品全球市場，確保外銷產品品質及安全性；掌握日本、中國大陸等利基市場動態，加強國際宣傳促銷活動，提高臺灣農產品知名度；排除關稅與非關稅障礙，擴大外銷農產品品項。
7. 推動兩岸農業交流，落實推動兩岸檢驗檢疫協議與建立農業智慧財產權協商機制；適當管制中國大陸農產品進口，維持進口秩序，減少農產品受進口損害。
8. 積極參與國際農漁業政府與非政府組織，強化國際諮商與合作，加強推動雙邊互惠農漁業合作，擴展農漁業發展空間，確保我國產業之永續經營。

三、發展樂活農業，提供舒適農村生活

1. 發展休閒農漁業，推動農業深度旅遊，結合農村文化、健康養生、知性教育與休憩空間營造，促進休閒農業加值發展。
2. 推展森林生態旅遊及自然教育中心，整建全國步道系統，規劃體驗學習、紓壓療癒等主題遊程，拓展綠色休閒旅遊市場；設置3處平地森林園區，打造節能減碳之優質生態知性園區。
3. 落實農村再生條例，輔導農村居民「由下而上」提出農村再生計畫，提升農村居住及人文品質；加強辦理培根計畫，凝聚社區共識。
4. 發展臺灣農業精品，包括臺灣茗茶、農村美酒、經典好米、竹製精品、金鑽水產、優質畜產等，落實產地標示，結合當地產業文化，配合農村旅遊及消費者需求，行銷農業精品。
5. 建構農村優質生活及健康照護體系，增進農村婦女及高齡者福祉；結合農業產業文化、農村美學，促進農村社區人文與特色產業發展。
6. 輔導農漁民團體永續經營，增進服務功能及多元發展；健全農業金融體系，發揮全國農業金庫功能；辦理農業專案貸款，提供農業經營資金需求。
7. 繼續發放老農津貼及農漁民子女就學獎助學金，辦理農業天然災害及農產品受進口損害救助，照顧農漁民生活。

四、落實永續農業，維護自然生態環境

1. 推動海岸新生，促進漁港活化，建構漁業資源永續利用管理機制，兼顧產業經濟效益與海洋生態保育；推動農業節能減碳、合理化施肥、畜禽場環保減廢與資源再利用，並加強動物保護。
2. 推動農地資源空間規劃，引導農業經營區位合理配置，建立農地分級分區管理及農地變更回饋機制，提升國土資源利用效率，集中資源輔導具優越產銷條件之專業生產區。
3. 推動綠色造林，加強林地管理，維護生物多樣性，落實森林永續經營。
4. 建立入侵性動植物偵測防治系統，強化入侵生物之預防、偵測及消除。加強邊境管理，並針對威脅生態系、棲地或物種的主要入侵種生物建立管理計畫，維護本地生態環境。
5. 推動整體性治山防災，加速天然災害復建復育，提升水患防治成效，增進國土保安；強化多功能農田水利建設，發揮農業生產、保育、教育及遊憩等多元功能。

五、加速農業重建，恢復災區產業機能

1. 為協助受災農漁民復耕復建，本會依「農業天然災害救助辦法」公告辦理現金救助及低利貸款。針對不符合救助辦法資格之受災嚴重農漁民，辦理產業復建輔導專案措施，協助復耕復養。
2. 加速推動莫拉克風災農業重建，並藉前瞻性的作為，導引產業重建兼顧規模效益與轉型發展，符合國土保安原則與生態環境需求。
3. 在重視國土保育、生態環境維護及適地適作之原則下，調整養殖漁業生產區功能，完備養殖區工程建設，營造優質安全之生產環境；藉產業重建輔導養殖漁業轉型發展，建構節水省能源的海水養殖系統。
4. 儘速完成颱風災後水土保持、農路復建及野溪清疏，辦理土石流警戒及預報精進及重大災區土石流潛勢調查。
5. 強化治山防災，將「阻、擋」策略改為「疏、導」策略，以「多次小量發生災害之控制」方式控制土砂，減少災害影響範圍。同時，採軟體防災與硬體減災並重方式，加強山坡地監督管理。
6. 加強森林撫育，健全林地管理及集水區治理，增聘國土保育人員協助森林保護，營造多樣性生態環境，發揮國土保安及水源涵養等功能。

六、強化行政措施，提升服務品質及效能

1. 建置農業行動化雙向服務，以簡訊、傳真、自動語音等方式提供即時、直接之服務，顯著縮短行政作業時間，提供農民廣泛服務。
2. 按季將獎補助社會團體、人民團體、財團法人、縣市政府及個人之獎補助經費資訊公告於機關網站，便利人民共享及利用政府資訊，增進人民對農業施政資源分配之瞭解、信賴與監督。
3. 特別預算執行率：本會主管各項特別預算之實支數、應付未付數及賸餘數總計，應達特別預算數80%以上。

七、妥善運用有限資源，促進研發成果加值應用：推動農業科技產業化整合策進工作，強化農業科技智財管理制度，促使農業科技研發成果移轉產業運用，並收取技術移轉金，以增加政府研發經費，提高農業科技研發技能，提升政府財務運用效能。

八、推動內外部學習機制，提升人力素質：設立農民學院，辦理農、漁民系統性專業訓練，培育優質農業人力資源，鼓勵青年從農及強化農業經營管理職能。

九、完備行政院組織改造規劃：完成組織調整各項配套作業，據規定依時程完成－「組織調整」作業、「員額配置（移撥）及員工權益保障」作業、「法制作業（含組織及作用法規）」作業、「預決算處理」作業、「財產接管及辦公廳舍調配」作業、「資訊移轉及系統整合」作業及「檔案移交」作業等7項。

十、提升研發量能

1. 研究經費比率：本會針對年度政策規劃、執行及評估所進行之研究及調查，或與業務、行政管理措施相關之研究經費，占本會(不含所屬機關)年度預算0.11%以上。
2. 推動法規鬆綁：本會主管法規數為338件，經調查100年主管法規檢討訂修法規預定完成件數為35件。

十一、提升資產效益，妥適配置政府資源

1. 年度資本門預算執行率：本會年度資本門實支數、資本門應付未付數及資本門賸餘數總計，應達年度資本門預算數90%以上。
2. 各機關中程歲出概算額度內編報概算數：本會年度歲出概算編報數與年度中程歲出概算額度核列數之差，應低於年度中程歲出概算額度核列數4.99%。

十二、提升人力資源素質與管理效能

1. 機關年度預算員額增減率：本會及所屬機關員額於100年度無增減情形。
2. 推動終身學習：依規定推動終身學習達成最低平均學習時數並較前年度成長3％以上或當年度之平均學習時數達100小時以上，及當年度各主管機關（含所屬機關）自行辦理或薦送參加其他機關辦理1日以上之中高階公務人員培訓發展性質班別之中高階公務人員參訓人數達該主管機關（含所屬機關）之中高階公務人員總人數40﹪以上，上述兩項本會及所屬機關至少達成1項。